2024-03-29T10:35:22Z
https://ijpp.areeo.ac.ir/?_action=export&rf=summon&issue=2632
بیماریهای گیاهی
0006-2774
0006-2774
1390
47
2
بررسی باروری جنسی و تنوع ژنتیکی Magnaporthe salvinii عامل پوسیدگی ساقه برنج در شمال ایران
راضیه
پورسعید
محمد
جوان نیکخواه
خلیل
بردی فتوحی فر
وحید
خسروی
پنجاه و یک جدایه از Nakataea sigmoidea فرم غیر جنسی Magnaporthe salvinii، عامل پوسیدگی ساقه برنج، جمعآوری شده از استانهای گیلان و مازندران جهت تعیین تیپ آمیزشی (Mating type) روی محیط کشت Sach’s agar در شرایط آزمایشگاه تلاقی داده شدند. بعلاوه تنوع ژنتیکی 20 جدایه با استفاده از دو آغازگر BOX و ERIC به روش rep-PCR تجزیه و تحلیل شد. در این بررسی تیپ آمیزشی 37 جدایه (55/72 درصد) از نوع MATx1 و 14 جدایه (45/27 درصد) از نوع MATx2 تشخیص داده شدند و بسیاری از جدایهها در تلاقیها از توان باروری بالایی برخوردار بودند. نتایج انگشت نگاریDNA موید وجود پنج گروه انگشت نگاری با 19 هاپلوتیپ بود که بیانگر تنوع ژنتیکی نسبتاً زیاد در نمونههای مورد مطالعه است.
آللهای MAT
آنامورف
برنج
پریتسیوم
تلئومورف
Nakataea sigmoidea
2011
12
01
107
119
https://ijpp.areeo.ac.ir/article_15820_09bbfaef58199abedad9944a3f739f3a.pdf
بیماریهای گیاهی
0006-2774
0006-2774
1390
47
2
مطالعه تأثیر آناستوموز ریسهای بین سویههای تولیدکننده و غیرتولیدکننده آفلاتوکسین قارچ Aspergillus flavus جدا شده از پسته در کاهش تولید آفلاتوکسین و تجزیه و تحلیل هتروکاریونهای حاصل با استفاده از نشانگر مولکولی *rep-PCR
زهرا
علیبخشی
محمد
جواننیکخواه
سید محمود
اخوت
خلیل
بردی فتوحیفر
الهام
زمانی
کیوان
غضنفری
آلودگیپستهبه آفلاتوکسین که یکی از گونههای قارچی مولد آن Aspergillus flavusمیباشد،ازجمله مواردی است که مشکلات زیادی را در تولید، مصرف و صادرات پسته به وجود میآورد. بهمنظوربررسیتواناییتولیدآفلاتوکسین توسط جدایههای A. flavusجدا شدهاز میوهپسته،تعداد46جدایهازقارچبااستفادهازآزمونالایزاموردآزمایشقرارگرفتند. ازبیناینجدایهها، 44/80% تولیدکننده آفلاتوکسینو 56/19% غیرتولیدکنندهآفلاتوکسینبودند. بهمنظورمطالعهتأثیرآناستوموزریسهایدرمیزانآفلاتوکسینتولیدشده توسطجدایهها،تلاقیبینجهشیافتگان nitدو جدایه تولیدکنندهآفلاتوکسین (R5) با بیشترین میزان تولید آفلاتوکسینوغیرتولیدکنندهآفلاتوکسین (Mb2) انجامگرفت. ازبین 30جدایههتروکاریونحاصل،تنها10% آنهاقادر به تولید آفلاتوکسیننبودند و میانگین تولید آفلاتوکسین در تمام نتاج هتروکاریون کمتر از والد تولیدکننده بود. نتایجنشاندادکهآناستوموز ریسهای میتواند در کاهشتولیدآفلاتوکسین در نتاج هتروکاریون مؤثر باشد.با توجه به این ویژگی، احتمالاً بتوان از سویههای غیرزهرابهزای قارچ در طبیعت بر علیه انواع زهرابه زا استفاده نمود. همچنینالگوی باندی حاصل از جدایههایوالدوهتروکاریونهابااستفادهازنشانگرمولکولیrep-PCRنشاندادندکهالگویباندیدو جدایهوالد (R5 و Mb2)بهغیرازباند566جفتبازیمشابهبودندوالگویباندیجدایههایهتروکاریوننیزمشابهوالد زهرابهزابود.
هتروکاریون
جهش یافته nit
انگشت نگاری DNA
الایزا
استرین
سازگاری رویشی
2011
12
01
121
133
https://ijpp.areeo.ac.ir/article_15831_f03a6fcc098d59174a53f1f71cf4710a.pdf
بیماریهای گیاهی
0006-2774
0006-2774
1390
47
2
ویروس نوارک ایرانی گندم: تعیین ترادف بخشی از آر اِن اِیِ شماره 1، رابطه سرولوژیکی با سایر تنوئی ویروسها و شواهد آلودگی طبیعی در برنج
جهانگیر
حیدرنژاد
ساره
شهدائی
کرامت اله
ایزدپناه
ویروس نوارک ایرانی گندم (Iranian wheat stripe virus, IWSV) یکی از اعضای غیر قطعی جنس تنوئی ویروس است. در این تحقیق چند ویژگی IWSV مورد مطالعه قرار گرفته است. به منظور روشن ساختن قطبیت قطعه اول ژنوم (RNA 1) و مقایسه انتهای ´3 آن با سایر تنوئی ویروسها، در حدود 650 نوکلئوتید از انتهای ´3 این قطعه تکثیر، همسانه سازی و سپس تعیین ترادف شد. مطالعه ترادف به دست آمده نشان داد که قطعه فوق مشابه با اکثر تنوئی ویروسها، دارای قطبیت منفی بوده و از نظر ترادف نوکلئوتیدی و آمینو اسیدی ژن آر اِن اِ پلیمراز، بیشترین شباهت را با تنوئی ویروسهای عامل برگ سفید برنج در قاره امریکا دارد. تا قبل از این مطالعه، گندم تنها میزبان طبیعی و شناخته شده IWSV بود. در این بررسی، برنج به عنوان یکی از میزبانان اقتصادی ویروس از منطق برنجکاری شمال شیراز شناسایی شد. به منظور مقایسه جدایههای گندم و برنج، ژنهای پروتئین پوششی (CP) و پروتئین عمده غیر ساختمانی (NS4) جدایه برنج با استفاده از آغازگرهای اختصاصی تکثیر و بعد از همسانه سازی، با قسمتهای مشابه در جدایه گندم مقایسه شدند. نتایج نشان داد که ژنهای فوق در دو جدایه، از نظر ترادف نوکلئوتیدی و ترادف آمینو اسیدی به ترتیب 6/99 و 100-0/99 درصد به هم شباهت دارند. مطالعات سرولوژیکی برای روشن ساختن ارتباط IWSV با پنج تنوئی ویروس دیگر با استفاده از آزمونهای نشت دو طرفه در آگار، دیبا و/یا الایزای غیر مستقیم با کمک آنتیسرمهای تولید شده بر علیه CP یا NS4 نشان داد که IWSV از میان سایر تنوئی ویروسهای مورد مطالعه، تنها با ویروس برگ سفید برنج (Rice hoja blanca virus, RHBV) ارتباط سرولوژیکی دارد. این نتیجه همراه با نتایج حاصل از مقایسههای مربوط به ترادف نوکلئوتیدی و آمینو اسیدی، یک بار دیگر شباهت IWSV را با تنوئی ویروسهای عامل برگ سفید در قاره امریکا تأیید میکند. مایهزنی گندم با تزریق عصاره گیاه آلوده به بذرهائی که 30 دقیقه در آب Cº25 خیس خورده بودند، موفقیتآمیز بود و ویروس با راندمان 2/5 در صد به گیاهچههای حاصل از این بذرها منتقل شد.
ویروس نوارک ایرانی گندم
تنوئی ویروس
آزمون نشت دو طرفه در آگار
دیبا
آزمون الایزا
تزریق جنین
انتقال ویروس
2011
12
01
135
145
https://ijpp.areeo.ac.ir/article_15832_6d0120b227716c19f5f896d80a7d247e.pdf
بیماریهای گیاهی
0006-2774
0006-2774
1390
47
2
معرفی چند گونه از نماتدهای خانواده Dolichodoridae Chitwood in Chitwood & Chitwood, 1950 از ایران *
ابراهیم
پورجم
فرزاد
علی رمجی
اکبر
کارگر بیده
آزاده
قرهخانی
علی
اسکندری
در بررسی نماتدهای خانواده Belonolaimidae موجود در کلکسیون آزمایشگاه نماتد شناسی دانشگاه تربیت مدرس هفت گونه از جنس های Merlinius، Tylenchorhynchus و Quinisulciusشامل گونههای M. bavaricus، M. brevidens،M. plerorbus،Tylenchorhynchus divittatus، T. goffarti، T. latusوQuinisulcius capitatusشناسایی شد. از میان گونههای شناخته شده، سه گونه M. bavaricus، M. plerorbus و Tylenchorhynchus divittatus برای اولین بار از ایران گزارش میشوند. گونه M. bavaricus با داشتن سر با ساختار کوتیکولی ضعیف و شیارهای ظریف در ناحیه سر و سطح بدن، استایلت ظریف با گرههایی با قطر کم، اسپرماتکای دو قسمتی و صاف بودن انتهای دم از سایر گونههای جنس مربوطه متمایز میشود. گونه M. plerorbus با دارا بودن سر مخروطی، استایلت به طول 15 تا 16 میکرومتر، دم مخروطی به طول 39 تا 50 میکرومتر، با 24 تا 32 حلقه در سطح شکمی آن، صاف بودن انتهای دم و اسپرماتکای چند قسمتی از سایر گونههای جنس مربوطه متمایز میشود. گونه T. divittatus با داشتن سه شیار در سطوح جانبی، سر کاملاً متمایز از بدن با شش تا هفت شیار عرضی، استایلت 17 تا 20 میکرومتری، وجود روده گسترش یافته بعد از مخرج و قرار گرفتن فاسمید در نیمه عقبی دم از سایر گونههای مشابه متمایز میشود.
شناسایی
نماتد
Merlinius
Tylenchorhynchus
Quinisulcius
2011
12
01
147
163
https://ijpp.areeo.ac.ir/article_15833_21f25192d578fdb8cb4de1d848a1de47.pdf
بیماریهای گیاهی
0006-2774
0006-2774
1390
47
2
بررسی تأثیر تنش خشکی بر بقای نماتودهای مولد زخم ریشه غلات (Pratylenchus neglectus و P. thornei) در آزمایشگاه، گلخانه و شرایط طبیعی
رضا
قادری
اکبر
کارگربیده
گونه های Pratylenchus neglectus و P. thornei نماتودهای رایج مولد زخم ریشه در مزارع گندم آبی و ذرت منطقه مرودشت (فارس) هستند. غیرفعال شدن این نماتودها در شرایط وقوع تنش خشکی و فعالیت مجدد در شرایط مساعد، یک راهکار بسیار مهم برای بقای آنها محسوب میشود. در این تحقیق، تأثیر تنش خشکی بر بقاء نماتودهای مولد زخم ریشه در شرایط آزمایشگاه، گلخانه، میکروپلات و مزرعه مورد بررسی قرار گرفت. نتایج مطالعه در آزمایشگاه نشان داد زمانی که خاک خشک دارای نماتدهای غیرفعال، مرطوب شود و به مدت 72 ساعت در دمای °C25 باقی بماند، بیشترین درصد نماتودها فعال میشوند. در گلخانه بعد از چهار ماه، 3/86% نماتودهای گونه P. neglectus در لایه چهار سانتی متری خاک هواخشک زنده ماندند. در شرایط میکروپلات طی مدت هشت ماه، جمعیت دو گونه درون خاک بدون دریافت بارندگی تغییرات زیادی نداشته ولی در حالت دریافت بارندگی به شدت کاهش نشان داد. در شرایط مزرعه، تمام مراحل زندگی نماتد توانستند به حالت غیرفعال درآیند. این حالت از نظر حفظ جمعیت و بقای نماتودهای مولد زخم ریشه طی فرآیندهای تابستان گذرانی و زمستان گذرانی در منطقه مرودشت دارای اهمیت است.
بقا
انگل گیاهی
تنش خشکی
Anhydrobiosis
Pratylenchidae
2011
12
01
165
177
https://ijpp.areeo.ac.ir/article_15858_8f996ec3efd524b9319d8cd16c5f11e7.pdf
بیماریهای گیاهی
0006-2774
0006-2774
1390
47
2
دامنه میزبانی و پراکندگیPectobacterium betavasculorum عامل بیماری باکتریایی نکروز آوندی و پوسیدگی ریشه چغندر قند در استان فارس
رضا
ندایی نیا
عبدالرحمان
فصیحیانی
بیماری باکتریایی نکروز آوندی و پوسیدگی ریشه چغندر قند (Beta vulgraris) ناشی از betavasculorum Pectobacterium ٬ یکی از عوامل مهم پوسیدگی ریشه چغندر قند در استان فارس محسوب میشود. این بیماری در سالهای اخیرگسترش نسبتاً وسیعی در این استان داشته است. به منظور تعیین دامنه میزبانی عمدتاً در تعدادی از گیاهان زراعی خانواده کدوئیان وسولاناسه از دو جدایه نمونه استفاده شد. جدایه های مورد بررسی با ایجاد زخم در قسمت دمبرگ، ساقه، ریشه و یا میوه گیاهان مایه زنی شدند. گیاهان شاهد نیز با آب مقطر سترون مایه زنی و در شرایط مشابه نگهداری و روزانه جهت بررسی علائم بازبینی شدند. بعد از2 تا 10 روز بسته به نوع گیاهان علائم بیماری به صورت پوسیدگی و سیاه شدن در ناحیه مایهزنی شده و یا از محل مایهزنی به اطراف و ایجاد علائم سیستمیک در برگ و پوسیدگی در میوه، ریشه، ساقه و غده گیاهان خیار، لوبیا، لوبیاچشم بلبلی، طالبی، گوجه فرنگی، کدو، ذرت، سیب زمینی بادمجان، تربچه، هویج، شلغم، سیر، پیاز، چغندر لبویی و خرمای نارس ایجاد شد. شدت علائم روی ذرت کمتر از سایر گیاهان بود، ولی مایهزنی باعث آبگزیدگی و پوسیدگی طوقه در گیاهچههای جوان ذرت و نهایتاً منجر به مرگ آنها پس از یک هفته شد. میزان پوسیدگی روی سیر و پیاز هم بسیار محدود بود. در تمام موارد جدایه باکتری مجدداً از گیاهان بیمار جدا شد. گیاهان طالبی، لوبیا، بادمجان، ذرت و خیار به عنوان میزبانان جدید گلخانهای و بالقوه این باکتری معرفی میگردند. بیماری در مناطق زرقان، مرودشت، فسا، کوار و حومه شیراز شایع است ولی در اقلید بیماری مشاهده نگردید.
چغندرقند
پوسیدگی نرم
Beta vulgaris
betavasculorum Pectobacterium
2011
12
01
179
185
https://ijpp.areeo.ac.ir/article_15859_8ddd03641fb5824fd2020a3aff4e3100.pdf
بیماریهای گیاهی
0006-2774
0006-2774
1390
47
2
بقای رو رستی Pseudomonas viridiflava و جدایههای مشابه عامل یا همراه بلاست مرکبات روی علفهای هرز غالب باغهای مرکبات مازندران
فاطمه
صادقی
حشمت اله
رحیمیان
ولی اله
بابایی زاد
بیماری بلاست یکی از بیماریهای مهم مرکبات در شمال ایران محسوب میشود (SHAMSBAKHSH and RAHIMIAN 1997). خسارت عامل بیماری اغلب در فصول سرد سال در مرکبات دیده میشود ولی در ماههای گرم سال روی سایر گیاهان از جمله علفهای هرز بقای اپی فیتی دارد. طی سالهای 1388 و 1389 از علفهای هرز باغات مرکبات شهرستانهای بابلسر و ساری شامل آکالیفا (Acalypha sp.)، چمن یکساله (Poa annua)، علف قناری(Phalaris canariensis) ، قیاق (Sorghum halepense)، مرغ (Cynodon dactylon)، چسبک (Setaria viridis)، دانه تسبیحی (Aegilops ovata)، چچم (Lolium sp.)و تاج خروس (Amaranthus retroflexus)نمونهبرداری شد. یک باکتری میلهای شکل گرم منفی، هوازی و دارای چند تاژک قطبی از تمامی این گونهها جدا گردید. کلنیهای باکتری روی محیط آگار غذایی حاوی سوکروز تقریباً مدور برجسته و سفید تا کرم رنگ بود. جدایهها قادر به تولید رنگ فلورسنت روی محیط King-Bبودند ولی در تولید لوان و لهانیدن برشهای سیب زمینی متغیر بودند. جدایهها اکسیداز و آرجی نین دی هیدرولاز منفی، ولی کاتالاز و اوره آز مثبت بودند. همه جدایهها ژلاتین، کازئین، آرژنین و توئین 80 را هیدرولیز کرده ولی نشاسته و اسکولین را هیدرولیز نکرده و تیروزیناز منفی بودند. بالاترین غلظت قابل تحمل کلرید سدیم در جدایهها 5 درصد بود. جدایهها قادر به استفاده از D-فروکتوز، D-گلوکز، D-زایلوز، مانیتول، رافینوز، گلیسرول، L- آلانین، L- لوسین،L-آسپاژین، L-تریپتوفان، فومارات، پیروات، L- تارتارات،D - تارتارات، سیترات و مالات بوده ولی توانایی استفاده از آرابینوز، دولسیتول، اتانول، پروپانول، L- تایروزین، L- متیونین، و اگزالات را به عنوان منبع کربن نداشتند. همچنین در استفاده از سوکروز، اسکولین و پکتات متغیر بودند. واکنش فوق حساسیت بعد از تزریق سوسپانسیون باکتری به برگهای شمعدانی بعد از 24 ساعت و بیماریزایی روی برگهای مرکبات بعد از 5 تا 7 روز به اثبات رسید . بر اساس نقوش الکتروفورزی پروتئینهای سلولی جدایهها به چهار گروه تقسیم شدند: گروه اول شامل جدایههای چمن یک ساله، چچم، فالاریس، قیاق و چسبک که بینابین جدایههای استاندارد Pseudomonas viridflava (Pv) و(Pss) P. syringae pv. syringaeبودند، گروه دوم شامل جدایه آکالیفا بود که شباهتی با هیچ یک از جدایههای استاندارد Pvو Pssنداشت، در گروه سوم جدایه به دست آمده از تاج خروس به جدایه Pssو جدایههای به دست آمده از دانه تسبیحی و مرغ در گروه چهارم قرار گرفته و Pvتشخیص داده شدند. در آزمون PCRنمایندگان جدایهها با دو آغازگر rpoDوgyrBبه ترتیب دو قطعه 850 و 1200 bpرا تکثیر نمودند. توالیهای نوکلئوتیدی به دست آمده، پس از همردیفسازی چندگانه (Multiple sequence alignment)با برنامه Clustal Wبا سایر توالیهای مربوط به این ناحیه در گونههای مختلف Pseudomonasموجود در بانک ژن (NCBI)مقایسه شدند. با توجه به خصوصیات فنوتیپی و ژنوتیپی، جدایهها متعلق به جنس Pseudomonasو جدایههای دانه تسبیحی و مرغ به گونه Pv.و جدایه تاج خروس به گونهPss.تعلق دارند. ویژگیهای به دست آمده از چمن یکساله، چچم، فالاریس، قیاق و چسبک بینابین .Pvو Pss.بود. این اولین گزارش از بقای اپی فیتیPv روی علفهای هرز در ایران است.
2011
12
01
48
49
https://ijpp.areeo.ac.ir/article_15860_f146207b47bf2f1ba922b86a985042c6.pdf
بیماریهای گیاهی
0006-2774
0006-2774
1390
47
2
وجود چند ویروئید در درختان پرتقال آلوده به بیماری پوست صمغی
ندا
روحانی
سید محمد
علوی
حشمت الله
رحیمیان
بیماری پوست صمغی (Gummy bark) مرکبات در درختان پرتقال (Citrus sinensis) در برخی نواحی مرکباتخیز دنیا وجود دارد. علائم بیماری که به صورت کوتولگی، کوچک شدن میوهها، آبله شدن (Stem pitting) چوب و بروز لکههای صمغی کوچک در پوست میباشد که در نواحی محدودی از مرکباتکاریهای مازندران دیده شده است. عامل اصلی بیماری پوست صمغی به طور قطعی شناخته نشده است ولی بررسیهای به عمل آمده حضور گونههائی از ویروئیدهای مرکبات را در این بیماری محرز نموده است. مشاهدات انجام شده در سال 1384 در قطعات مرکبات کاری باغهای مهدشت بالا و پائین در شهرستان ساری در چند درخت پرتقال خونی (C. sinensis, Moro Blood) مسن روی پایه نارنج علائم ضعف، کوتولگی خفیف و کوچکتر بودن میوهها مشهود بود. با جدا کردن پوست تنه در محل پیوند، آبله شدن شدید چوب همراه با تجمع صمغ در ته فرورفتگیها و نیز وجود لکههای صمغی در پوست آن محل و تا چندین سانتیمتر بالاتر در تنه پرتقال قابل مشاهده بود. سرشاخه درختان دارای پوست صمغی جمعآوری و نوارهایی از پوست شاخهها روی نهالهای سالم پرتقال روی پایه سالم سیترنج ((Troyer citrange, Poncirus trifoliata×C. sinensis و نارنج یک ساله در شرایط گلخانه پیوند شدند. پس از گذشت یک سال از زمان پیوند استخراج RNA از دو نمونه آلوده شده پرتقال بیماری به همراه یک نمونه شاهد حاوی ویروئیدهای مرکبات (علوی و همکاران، 2005) با استفاده از ترایزول (TRIZOL) (ساخت شرکت Invitrogen) انجام گرفت. نتایج حاصل از واکنش زنجیرهای پلیمراز با نسخهبرداری معکوس (RT-PCR) با حضور نمونه شاهد با استفاده از آغازگرهای ویروئیدهای مرکبات و ویروس تریستزا نشانگر حضور ویروئید کوتولگی رازک، خمیدگی برگ مرکبات، ویروئیدهای گروه III و IV و اگزوکورتیس مرکبات در نهالهای آلوده شده بود. این اولین گزارش از آلوده بودن درختان پرتقال دارای علائم پوست صمغی به پنج ویروئید مختلف است. نقش این ویروئیدها در ایجاد پوست صمغی پرتقال به بررسیهای وسیعتری نیاز دارد.
2011
12
01
188
189
https://ijpp.areeo.ac.ir/article_15861_915e6a797c47b8ed09d3e1873447ee1b.pdf
بیماریهای گیاهی
0006-2774
0006-2774
1390
47
2
بررسی تنوع ژنتیکی زانتوموناس عامل لکه زاویهای توسکا در استانهای مازندران و گلستان با استفاده از BOX-PCR و*REP-PCR
رقیه
ابراهیمی
حشمت اله
رحیمیان
ولیاله
بابایی زاد
ناهید
معرف زاده
توسکا یکی از مهمترین گونههای درختی جنگلهای شمال کشور بوده و از نظر اقتصادی به عنوان چهارمین درخت تجاری محسوب میشود. یک بیماری لکه برگی ناشی از گونهای زانتوموناس در توسکا ییلاقی (Alnus subcordata subsp. Subcordata) در چند منطقه جنگلی استان مازندران گزارش شده است (Rahimian et al. 1383. 16th Iran. Plant Protec. Cong.,439). براساس یک بررسی ژنومی که در سالهای اخیر انجام شده بود باکتری عامل بیماری بالاترین شباهت را به Xanthomonas arboricola داشت (Rahimian et al. 1387. 18th Iran. Plant Protec. Cong., 428). بررسی محدودی در زمینه همسانی جدایهها و پراکندگی بیماری(Rahimian et al. 1383. 16th Iran. Plant Protec. Cong., 439) انجام گردید ولی اطلاع دقیقی از تنوع ژنتیکی جدایههای مناطق مختلف در دست نیست. بررسی حاضر به منظور ارزیابی همسانی یا تنوع ژنتیکی جدایههای بهدست آمده از مناطق مختلف استانهای مازندران و گلستان انجام گرفت. از نظر ویژگیهای فنوتیپی جدایه بسیار شبیه هم بوده و فقط در مصرف -Lسرین، لوسین، دکسترین، کوئینات، تایروزین به عنوان منبع کربن اختلاف نشان دادند. تنوع ژنتیکی جمعیت باکتری عامل لکه زاویهای توسکا با استفاده از BOX-PCR و REP-PCR انجام شد. DNA ژنومی جدایهها به روش لیز قلیایی استخراج و PCR در شرایط توصیه شده ورسالوویچ و همکاران (Versalovich et al. 1991. Nucleic Acids Res, 24: 6823 -6831) ولی با کاهش زمان واسرشت (Denaturing) انجام شد. محصول PCR در ژل آگارز 2 درصد الکتروفورز و ژل با اتیدیوم بروماید رنگ آمیزی گردید. از ضریب تشابه جاکارد برای تعیین تشابه جدایهها و از روش UPGAMA و نرم افزار NTSYS برای آنالیز خوشهای استفاده شد. آنالیز خوشهای نتایج بهدست آمده با آغازگر BOXAIR نشان داد که در سطح 80 درصد جدایهها به 24 گروه تقسیم شدند. این در حالی است که جدایههای توسکا با جدایه استاندارد Xanthomonas arboricola pv. coryli نیز همین میزان شباهت را نشان دادند. در سطح 63 درصد، جدایههای توسکا به 15 گروه تقسیم شده ولی با همین میزان شباهت با Xanthomonas arboricola pv. pruniهم خوشه بودند. در سطح 40 درصد هم ضمن تقسیم شدن جدایهها به 7 گروه، همسانی مشابهی را با جدایه مرجع Xanthomonas arboricola pv. juglandisنشان دادند. با توجه به این یافتهها میتوان نتیجه گرفت که جدایههای عامل لکه زاویهای توسکا تنوع زیادی داشته و در عین حال BOX-PCR توانایی متمایز ساختن پاتووارهای متعلق به گونه Xanthomonas arboricola را ندارد. نتایج بهدست آمده با آغازگر REP1R,REP2I نشان داد که در سطح 78 درصد جدایهها به 14 گروه تقسیم شدند. در حالی که این جدایهها با پاتوارهای X. arboricola pv. juglandisو X. arboricola pv. coryliنیز همین میزان شباهت را نشان دادند. در سطح تشابه 57 درصد، جدایهها به 7 گروه تقسیم شده و در همین میزان شباهت با X. arboricola pv. pruni هم خوشه بودند. دادهها نشان میدهند جدایههای توسکا دارای تنوع زیادی بوده و REP-PCR کارایی بهتری برای گروهبندی جدایههای عامل لکه زاویهای توسکا دارد.
Alder (Alnus subcordata subsp. Subcordata) is one of the most important tree species in northern forests of Iran and is economically considered as the fourth commercial tree. A leaf spot disease of alder caused by Xanthomonas sp. has been reported from several forest regions of Mazandaran province (Rahimian et al. 1383. 16th Iran. Plant Protec. Cong., 439). According to a recent genomic study, the bacterial agent of this disease has the highest similarity to Xanthomonas arboricola (Rahimian et al. 1387. 18th Iran. Plant Protec. Cong., 428). Though limited studies have been performed about the homology of isolates and the distribution of the disease (Rahimian et al. 1383. 16th Iran, Plant Protec. Cong., 439), detailed information is not available about the genetic diversity of isolates from different regions. This study was conducted to evaluate the genetic similarity or diversity among the isolates obtained from different regions of Mazandaran and Golestan provinces. Phenotypic characteristics of isolates were very similar and they were different only in utilization of carbon sources including L- Serin, Leucine Dextrin, Quinate, Tyrosine. The population genetic diversity analysis of the bacterial pathogen ofalder angular leaf spotwas performed using BOX-PCR and REP-PCR. Genomic DNA was extracted from isolates using alkaline lysis, and PCR was performed as recommended by Versalovich et al., but by reducing the deneturing time (Versalovich et al. 1991. Nucleic Acids Res, 24: 6823 -6831). PCR products were electrophoresed in 2 percent agarose gel and the gel was stained with ethidium bromide. Similarity, matrix of the isolates was obtained using Jaccard's coefficient and cluster analysis by employing the UPGAMA method and NTSYS software. Cluster analysis by BOXAIR primer showed that the isolates were divided into 24 groups at 80 percent level. However, the isolates of alder showed the same similarity with standard isolate Xanthomonas arboricola pv. coryli. At 63 percent level, alder isolates were divided into 15 groups, but with the same amount of similarity they were clustered with Xanthomonas arboricola pv. pruni. At 40 percent level, alder isolates were divided into seven groups and showed similar homology with reference isolate of Xanthomonas arboricola pv. juglandis. According to these findings, it can be concluded that isolates inciting alder angular leaf spot have high variability, while BOX-PCR was unable to differentiate X. arboricola pathovars. Results obtained with REP1R and REP2I primers showed that at 78 percent level, isolates were divided into 14 groups. In contrast, the isolates showed the same level of similarity with X. arboricola pv. juglandis and X. arboricola pv. coryli pathovars. At 57 percent similarity level, the isolates were divided into seven groups and were clustered with X. arboricola pv. pruni with the same amount of similarity. The data show that alder isolates have high variation and REP-PCR has a better efficiency for grouping causal agent of angular leaf spot of alder isolates.
2011
12
01
190
191
https://ijpp.areeo.ac.ir/article_15862_4a36b94d5edf41e67b5f3e9dd62792cb.pdf