تنوع ژنتیکی جدایه های Acidovorax oryzae عامل نوار قهوه ای برنج در استان مازندران

نوع مقاله: مقاله کامل پژوهشی

نویسندگان

1 مسئول مکاتبه

2 نویسنده

چکیده

بیماری نوار قهوه‌ای برنج (brown stripe of rice ) یکی از بیماری‌های شایع در خزانه‌های برنج (Oryza  sativa)  می‌باشد. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی عامل نوار قهوه ای برنج، نمونه برداری، در فصول زراعی 1391-1390 از خزانه های مازندران انجام شد. عامل بیماری بر اساس آزمون‌های بیوشیمیائی، فیزیولوژیکی و بیماری‌زائی Acidovorax  avenae subsp. avenae ( Acidovorax oryzae)  تشخیص داده شد. تعداد 90 جدایه مورد بررسی های فنوتیپی (مورفولوژیکی، فیزیولوژیکی و بیوشیمیائی) و الکتروفورز پروتئین های سلولی (SDS-PAGE) قرار گرفتند. از نظر خصوصیات فنوتیپی تنوعی در میان جدایه ها مشاهده نشد. نتایج به دست آمده از آنالیز خوشه ای پروتئینی سلولها، جدایه ها را در سطح تشابه 45 درصد به 2 گروه و در سطح تشابه 68 درصد به 5 گروه تفکیک کرد. جهت ارزیابی تنوع ژنتیکی،DNA  ژنومی جدایه ها استخراج و در واکنش زنجیره ای پلیمراز (rep-PCR) با استفاده از آغازگرهای ERIC و BOX مورد بررسی قرار گرفت.  دندروگرام با روش مقایسه جفت ها از طریق میانگین های بی وزن (UPGMA) و با استفاده از نرم افزار NTSYS ترسیم گردید. آنالیز خوشه‌ای نتایج به دست‌آمده با آغازگر ERIC نشان داد که جدایه ها در سطح تشابه20 ، 35 و 65 درصد به ترتیب در 2 ، 5 و 10 گروه و با آغازگر  BOX در سطح تشابه   20 ، 50 و 80  به ترتیب به 7 ، 16 و 23 گروه دسته بندی شدند. نتایج بیانگر وجود تنوع ژنتیکی بالائی در جمعیت Ao  عامل نوار قهوه ای برنج بود

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

GENETIC DIVERSITY OF STRAINS OF Acidovorax oryzae CAUSAL AGENT OF BROWN STRIPE OF RICE IN MAZANDARAN PROVINCE

نویسندگان [English]

  • maedeh taghipour 1
  • heshmatalah taghipour 2
  • vali alah babaee zade 2
چکیده [English]

Brown  stripe  of  rice  is among the prevalent disease of rice seedling in Mazandaran and Guilan provinces.  For assessment  of  genotypical  diversity in  populations of the causative bacterium samples  were  collected  from rice seedbeds in the suburb of Sari, Mazandaran  province  in  2012. A total  of 90 isolates were recovered  and the phenotypic and genotypic characteristics of the causal bacterium were compared and identified as  Acidovorax  avenae  subsp.  avenae  ( Acidovorax oryzae). The isolates were fairly homogeneous in their physiological  and  biochemical features. They were differentiated into two and five groups , at similarity levels of 45% and 68%, respectively, in the whole cell protein electrophoretic profiles. Genomic DNA of isolates was obtained and subjected to rep-PCR ( with BOX and ERIC primers ) fingerprinting. Dendrograms were constructed, using the jacard coefficient, the UPGMA algorithm  and  NTSYS-PC  program.  Comparison  of  the  genomic  fingerprints demonstrated that, at 20%, 35% and 65% similarity levels isolates formed 2, 5 and 10 clusters with ERIC primer and at 20%, 50% and 80% similarity levels isolates formed 7, 16 and 23 clusters with BOX primer, respectively. The result indicates a high level of  genetic diversity in Ao populations.