آنالیز ترادف نوکلئوتیدی جدایه ایرانی ویروس موزائیک کوتولگی ذرت و بررسی منشاء و تکامل آن

نوع مقاله: مقاله کامل پژوهشی

نویسندگان

1 نویسنده

2 مسئول مکاتبه

چکیده

ترادف کاملنوکلئوتیدی جدایه ایرانی ویروس موزائیک کوتولگی ذرت (Maize dwarf mosaic virus MDMV-Ir) تعیین گردید. ژنوم ویروس بجز دنباله Poly A انتهایی ʹ3، 9499 نوکلئوتید بود که شامل 139 نوکلئوتید ناحیه خوانده نشدنی ʹ 5 و 234 نوکلئوتید ناحیه خوانده نشدنی ʹ 3 و یک چارچوب باز خواندنی که یک پلی پروتئین با 3042 اسید آمینه را کد می کند را شامل می شد. MDMV-Ir  با سایر جدایه های ویروس4/86 تا 9/91 در‌صد شباهت نوکلئوتیدی و 9/93 تا 3/97 در‌صد شباهت آمینواسیدی دارد. شباهت نوکلئوتیدی MDMV-Ir  با ترادف کامل سایر پوتی ویروس های غلات موجود در GenBank 54 تا 5/70 در‌صد محاسبه گردید. ترادف آمینو اسیدی پروتئین های ویروس با  پروتئین های سایر ویروس های غلات 8/29 تا 60 در‌صد مشابهت نشان داد. مقایسه ترادف  نوکلئوتیدی و آنالیز فیلوژنتیکی ترادف کامل و پلی پروتئین های حاصله نشان داد که  MDMV بیشترین شباهت را با جدایه بلغاری ویروس و در بین پوتی ویروس های غلات بیشترین شباهت را ویروس موزائیک سورگوم دارد. همچنین این آنالیز نشان داد که جمعیت های MDMV یک گروه مونوفیلتیک هستند که از ناحیه مدیترانه منشاء گرفته اند.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

ANALYSES OF COMPLETE NUCLEOTIDE SEQUENCE OF IRANIAN ISOLATE OF MAIZE DWARF MOSAIC VIRUS (MDMV) AND NOTES ON THE ORIGIN AND EVOLUTION OF MDMV

نویسندگان [English]

  • foro sadat mostafavi neishabori 1
  • mahmod maesomi 2
  • saeed nasr nejad 1
  • narjes rahpima 1
  • kramat lah ezadpanah 1
چکیده [English]

Complete nucleotide sequence of an Iranian isolate of Maize dwarf mosaic virus (MDMV-Ir) was determined. The viral genome comprises 9499 nucleotides, excluding a 3′-terminal poly A tail. It consists of a 139 nucleotide long 5′noncoding region, a 234 nucleotide long 3′noncoding region and an open reading frame (ORF) which encodes a single polyprotein of 3042 amino acid residues. MDMV-Ir shares 86.4% to 91.9% nucleotide identity and 93.9% to 97.3% amino acid sequence similarity with other isolates of the virus. The nucleotide sequence identity of MDMV-Ir with full sequences of other cereal potyviruses available in GenBank ranged from 54 to 70.5%. The putative amino acid sequences of MDMV-Ir proteins showed 29.8% to 60% similarity to corresponding proteins of other cereal viruses in the GenBank. Sequence comparisons and phylogenetic analyses of the complete genome and derived polyproteins revealed that MDMV-Ir has the highest similarity to the Bulgarian isolate of MDMV, and among other cereal potyviruses it has the closest relationship to Sorghum mosaic virus. These analyses also indicated that MDMV populations are a monophyletic group originated in the Mediterranean basin.

کلیدواژه‌ها [English]

  • : Potyviridae
  • Maize dwarf mosaic virus
  • Mediterranean Basin
  • Virus origin
  • Iran