بررسی تنوع ژنتیکی جدایه‌های ویروس موزائیک جنوبی مرغ بر اساس ترادف نوکلئوتیدی ناحیه ´3 ژنوم

نوع مقاله: مقاله کامل پژوهشی

نویسندگان

1 نویسنده

2 مسئول مکاتبه

چکیده

ویروس موزائیک جنوبی مرغ (Bermuda grass southern mosaic virus, BgSMV)، فراوان‌ترین ویروس‌ مولد موزائیک در مرغ در نواحی گرمسیری جنوب ایران می‌باشد. به منظور تعیین تنوع ژنتیکی BgSMV، گیاهان مرغ با علائم موزائیک از جیرفت، بوشهر، برازجان، رامهرمز، اندیمشک، شوشتر، بهبهان و داراب جمع‌آوری و ناحیه ´3 ژنوم آنها با استفاده از آغازگرهای اختصاصی این ویروس با روش RT-PCR تکثیر و همسانه‌سازی شد. ناحیه CP-UTR این جدایه‌ها به‌همراه تعدادی از ترادف‌های پوتی ویروس‌های غلات موجود در بانک ژن مقایسه و پس از انجام همردیف‌سازی چندگانه، مورد تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی قرار گرفت. جدایه‌های مورد مقایسه در درخت فیلوژنتیکی در 6 شاخه جداگانه قرار گرفتند که عبارت بودند از: BgSMV، ویروس موزائیک کوتولگی ذرت (Maize dwarf mosaic virus, MDMV)، ویروس موزائیک نیشکر (Sugarcane mosaic virus, SCMV)، ویروس موزائیک قیاق ( Johnson grass mosaic virus, JGMV)، ویروس موزائیک سورگوم (Sorghum mosaic virus, SrMV) ودو ویروس موزائیک ایرانی قیاق ( Iranian Johnson grass mosaic virus, IJMV) و موزائیک زآ ( Zea mosaic virus, ZeMV) که در یک شاخه قرار گرفتند. در بین پوتی ویروس‌ها، BgSMV بیشترین تشابه را با MDMV داشت. اما در ناحیه 5 ژن پروتئین پوششی BgSMV، 90 نوکلئوتید (معادل 30 آمینو اسید) بیشتر از MDMV داشت و این مساله در تمام جدایه‌های BgSMV صادق بود. میانگین درصد تشابه نوکلئوتیدی ناحیه CP-UTR بین جدایه‌های BgSMV، 1/98 درصد به‌دست آمد که نشان‌دهنده تنوع ژنتیکی پایین این ویروس در این ناحیه از ژنوم است. به رغم وجود تشابه نوکلئوتیدی بالای BgSMV با MDMV، با توجه به تفاوت‌های اساسی از نظر دامنه میزبانی و سرولوژی بین دو ویروس و وجود یک قطعه 90 نوکلئوتیدی اضافی در ناحیه ´5 ژن CP، BgSMV به عنوان گونه‌ای نزدیک به MDMV در جنس پوتی ویروس در نظر گرفته می‌شود.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

GENETIC VARIATION OF BERMUDA GRASS SOUTHERN MOSAIC VIRUS ISOLATES BASED ON SEQUENCE OF 3' REGION OF GENOME

نویسندگان [English]

  • faride farah bakhsh 1
  • mahmod maesomi 2
  • alireza afshari far 1
  • kramat lah izadpanah 1
چکیده [English]

Bermuda grass southern mosaic virus (BgSMV) is a widespread potyvirus inducing mosaic on Bermuda grass in warm regions of southern Iran. In this study, various geographical isolates of the virus were compared phylogenetically. Bermuda grass samples showing mosaic symptom were collected from Jiroft, Bushehr, Borazjan, Ramhormoz, Andimeshk, Shushtar, Behbahan and Darab. Viral RNA was extracted and reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) was conducted using specific primers for amplification of the 3′ region (CP- UTR) of the viral genome. PCR- products were cloned and sequenced. The sequences of CP- UTR region of BgSMV isolates were compared with each other and with available sequences of cereal potyviruses in the GenBank. Phylogenetic analyses showed that all sequences were grouped into six clades of BgSMV, Maize dwarf mosaic virus (MDMV), Sugarcane mosaic virus (SCMV), Johnson grass mosaic virus (JGMV), Sorghum mosaic virus (SrMV), Iranian Johnson grass mosaic virus (IJMV) and Zea mosaic virus (ZeMV). IJMV and ZeMV were grouped in the same clade. Among potyviruses, BgSMV was close to MDMV. However it had an additional 90- nucleotide stretch in frame (30 amino acids) in the 5′ region of the coat protein compared with MDMV. This difference was consistent in all BgSMV isolates. The mean of the nucleotide similarity in CP- UTR region among BgSMV isolates was 98.1% which indicates low level of genetic diversity in intra- population of BgSMV. Despite the high nucleotide sequence similarity between BgSMV and MDMV, differences between the two viruses in host range and serology, and presence of additional 90 nt in the 5' region of CP gene, make BgSMV a distinct potyvirus species close to MDMV.

کلیدواژه‌ها [English]

  • potyviruses
  • Phylogenetic analysis
  • MDMV
  • BgSMV
  • CP-UTR