ارزیابی تنوع ژنتیکی جدایه‌های عامل بیماری نوار قهوه‌ای برنج با استفاده از rep-PCR *

نوع مقاله: گزارش کوتاه

نویسندگان

نویسنده

چکیده

بیماری نوار قهوه‌ای برنج (brown stripe of rice) از خزانه‌های برنج (Oryza  sativa L.)استان مازندران گزارش و عامل آن(Aaa)Acidovorax avenae subsp. avenae  شناسایی شده‌است (Rahimian. 1986, Iran Agric. Res. 5: 63-71). بررسی حاضر به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی جدایه‌های به دست آمده از خزانه های برنج استان مازندران انجام گرفت. پس از کشت نمونه‌های دارای علائم نوار قهوه‌ای و بر اساس آزمون‌های بیوشیمیایی و فیزیولوژیکی، جدایه‌ها به عنوان Aaa  شناسایی و برای بررسی ژنوتیپی به کار برده شدند. نتایج آزمون‌های اکسیداز، کاتالاز، هیدرولیز نشاسته، هیدرولیز کازئین و هیدرولیز توئین 80 مثبت بودند. جدایه‌ها از سوربیتول و مانیتول به عنوان منبع کربنی استفاده کرده ولی قادر به استفاده از سوکروز و سالیسین نبودند(Rahimian. 1986, Iran Agric. Res. 5: 63-71). DNA ژنومی جدایه‌ها استخراج و انگشت نگاری DNA با rep-PCR و با استفاده ازآغازگرهای BOX و REP طبق روش های توصیه شده و با اندکی تغییر انجام گردید ( Versalovic  et al. 1991, Nucleic Acids Res. 19: 6823-6831 ). گروه‌بندی جدایه‌ها با مقایسه نقوش قطعات DNA در ژل و نمره‌دهی بر پایه وجود یا عدم وجود قطعات همسان و با استفاده از ضریب تشابه جاکارد صورت گرفت. دندروگرام با روش مقایسه جفت‌ها از طریق میانگین‌های بی‌وزن (UPGMA) و با استفاده از نرم‌افزار NTSYS 2.02 ترسیم گردید. مقایسه نقوش قطعات DNA تکثیر شده درrep-PCR، نشان داد که در سطح تشابه 20، 50 و 80 درصد جدایه‌ها با آغازگر BOX به ترتیب به 7، 16 و 23 گروه و با آغازگر REP به ترتیب به 5، 13 و 19 گروه دسته‌بندی شدند. خوشه‌بندی به دست آمده با نقوش حاصل از REP-PCR مطابقت بالایی با خوشه‌بندی انجام گرفته با BOX-PCRداشت. پیش از این گزارشی در زمینه وجود سطح بالایی از تنوع ژنتیکی در جمعیت‌های این عامل باکتریایی در دست نبوده است.

عنوان مقاله [English]

ASSESSMENT OF GENETIC DIVERSITY OF THE CAUSAL AGENT OF BACTERIAL BROWN STRIPE OF RICE BY REP-PCR

نویسندگان [English]

  • maedeh taghipor
  • heshmatalah rahimian
چکیده [English]

Brown  stripe of rice disease was first reported from rice nursery in Mazandaran  province. The  agent was identified  as  Acidovorax  avenae  subsp. avenae (Aaa) (Rahimian. 1986, Iran Agric. Res. 5: 63-71). Assessment of the possible  genetic  diversity  of  Aaa isolates  in eastern Mazandaran was attempted in the present study. On the basis of biochemical and physiological characteristics, the isolates were identified, phenotypically, as Aaa. All isolates were oxidase and catalase positive and hydrolysed starch, casein and Tween 80. They did not assimilate sucrose or salicin but were capable of using sorbitol and monnitol as carbon sources (Rahimian. 1986, Iran Agricultural Res. 5: 63-71). Genomic DNA of isolates was extracted and subjected to rep-PCR using REP and BOX primers, under the previously described  conditions with only minor modifications (Versalovic  et al. 1991, Nucleic Acids Res. 19: 6823-6831). Dendrograms  were constructed using data sets obtained  from  amplified  fragments, using the Jaccard coefficient, the UPGMA algorithm and NTSYS-PC program. Comparison of the genomic fingerprints demonstrated that , at 20%, 50%, 80% similarity levels isolates formed 7, 16, 23 clusters with BOX primer, respectively and 5, 13, 19 clusters with REP primer at the stated levels of similarity, respectively. The clusters produced in REP-PCR  were highly congruent with those of BOX-PCR. There has been no report on the presence of such  any high level of genetic diversity in this bacterial subspecies elsewhere.