ترادف نوکلئوتیدی ژنوم کامل و جایگاه تاکسونومیکی جدایه‌های جو و گندم سویه گندم ویروس کوتولگی گندم در ایران

نوع مقاله: مقاله کامل پژوهشی

نویسندگان

1 نویسنده

2 مسئول مکاتبه

چکیده

ویروس کوتولگی گندم ((WDV از عوامل اصلی ایجادکننده بیماری‌های کوتولگی و زردی غلات است. دو سویه جو (WDV-B) و گندم (WDV-W) از این ویروس از مزارع گندم و جو مناطق مختلف ایران گزارش شده‌اند. مطالعه پراکنش سویه‌های WDV در مزارع غلات ایران نشان داده است که WDV-W از گسترش بیشتری نسبت به WDV-B برخوردار است. بیش از این ترادف نوکلئوتیدی ژنوم کامل یک جدایه از WDV-B از استان خراسان (WDV-Bar[IR:Bar]) تعیین شده است. برای مشخص شدن وضعیت تاکسونومیکی جدایه‌های گندم و جو WDV-W در ایران، ژنوم کامل یک جدایه گندم WDV-W از شهرکرد استان چهارمحال و بختیاری (  WDV-Whe[Iran:Sh:Whe]) و یک جدایه جو از همین سویه از منطقه بوانات استان فارس (WDV-Whe [Iran:Ba:Bar] ) به ترتیب شامل 2750 و 2749 نوکلئوتید تعیین ترادف شدند. دندروگرام حاصل از مطالعات تبارزایی تقسیم بندی سویه‌های WDV را به دو گروه WDV-W و WDV-B تأئید نمود به طوری که WDV-Whe[Iran:Sh:Whe] وWDV-Whe[Iran:Ba:Bar]  در گروه WDV-W و WDV-Bar[IR:Bar] همراه با سایر جدایه‌های WDV-B در گروه دیگر قرار گرفتند. نتایج حاصل از ترادف نوکلئوتیدی در قسمت‌های مختلف ژنوم نیز نشان داد که دو جدایه WDV-W مورد مطالعه با یکدیگر و با جدایه‌های سویه گندم موجود در بانک ژن بیشترین شباهت را در ناحیه پروتئین همراه با همانندسازی و کمترین شباهت را در ناحیه پروتئین حرکتی و ناحیه بین ژنی بزرگ دارند

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

THE NUCLEOTIDE SEQUENCE OF COMPLETE GENOME AND TAXONOMIC POSITION OF WHEAT AND BARLEY ISOLATES OF WHEAT STRAIN OF WHEAT DWARF VIRUS IN IRAN

نویسندگان [English]

  • maede lotfi poor 1
  • mohamad amid motlagh 1
  • alireza afshari far 2
  • sayed ali akbar behjat nia 1
  • keramat alah izadpanah 1
چکیده [English]

Wheat dwarf virus (WDV) is one of the main factors causing stunting and yellowing diseases of cereals. Two strains of WDV have been reported from different parts of Iran. The barley strain (WDV-B) is only detected from naturally infected barley plants, while the wheat strain (WDV-W) infects both wheat and barley plants. Previous results regarding distribution of WDV strains have revealed the dominance of WDV-W compared to WDV-B in cereal fields of Iran. To investigate the taxonomic position of the Iranian WDV strains, the complete DNA genome of a wheat isolate of WDV-W from Shahrekord (WDV-Whe[Iran:Sh:Whe]) and of a barley isolate of WDV-W from Bavanat (WDV-Whe[Iran:Ba:Bar], with 2750 and 2749 nucleotides, respectively, were sequenced. Phylogenetic analysis of nucleotide sequences of the genome, revealed two main clusters designated WDV- W and WDV-B. Cluster WDV-W is composed of two Iranian isolates including WDV-Whe[Iran:Sh:Whe], WDV-Whe[Iran:Ba:Bar] and nine non-Iranian wheat isolates of WDW (WDV-W).  An Iranian barley isolate of WDV (WDV-Bar[IR:Bar]) and seven exotic barley isolates of WDV formed the second cluster (WDV-B). Sequence comparison of different genomic regions of the two Iranian WDV-W isolates showed that the replication-associated protein was the most conserved while the movement protein and the large intergenic region were the most divergent regions.    

کلیدواژه‌ها [English]

  • barley
  • Geminivirus
  • Mastrevirus
  • Wheat
  • Wheat dwarf virus