خالص‌سازی و تعیین ترادف نوکلئوتیدی ژنوم کامل ویروس موزائیک زرد کدو- جدایه فارس

نوع مقاله: مقاله کوتاه پژوهشی

نویسندگان

1 نویسنده

2 مسئول مکاتبه

چکیده

ویروس موزائیک زرد کدو (Zucchini yellow mosaic virus) ازنمونه‌های کدوی دارای علایم موزائیک، تاولی شدن و بدشکلی برگ و میوه و کاهش رشد از مزارع منطقه کفترک شیراز به کمک آزمون الیزا، جداسازی و یک نمونه به‌عنوان جدایه فارس این ویروس ((ZYMV-F به منظور انجام مراحل بعدی تحقیق بررسی شد. ZYMV-F در شرایط گلخانه در کدو تکثیر و از بافت‌های آلوده برای خالص‌سازی فیزیکی ویروس استفاده شد. از آنتی‌سرمبه‌دست آمده از آموده خالص ویروس، در آزمون‌های سرولوژیکی استفاده شد. با بهره‌گیری از روش به دام اندازی آر اِن اِی پیک و آغازگرهای اختصاصی طراحی شده، واکنش ترانویسی معکوس و زنجیره‌ای پلی‌مراز (RT-PCR) انجام شد و دی اِن اِی‌های تکثیر شده، همسانه‌سازی و تعیین ترادف شدند. با تجمیع ترادف‌های به‌دست آمده، ترادف کامل ژنوم ZYMV-F شامل 9591 نوکلئوتید (رس‌شمار JN183062 در بانک ژن) به‌دست آمد. آنالیزهای فیلوژنتیکی براساس ترادف نوکلئوتیدی و آمینو اسیدی ژنوم کامل و هر کدام از ژن‌ها به‌طور انفرادی نشان داد که ZYMV-F بیشترین شباهت را به جدایه‌های اسرائیل و اسلواکی ZYMV دارد. هم‌چنین بر‌اساس ترادف قسمتی از ژن پروتئین پوششی، مشخص شد که جدایه‌های ویروس در ایران در سطح نوکلئوتیدی و آمینواسیدی شباهت زیادی به هم دارند و جدایه فارس و کرج در یک گروه قرار می‌گیرند. این اولین گزارش از تعیین ترادف کامل ژنوم ZYMV در ایران و دومین گزارش از منطقه خاور میانه و نزدیک است.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

PURIFICATION AND THE COMPLETE GENOME SEQUENCE OF ZUCCHINI YELLOW MOSAIC VIRUS- FARS ISOLATE

نویسندگان [English]

  • A. AZARFAR 1
  • K. IZADPANAH 1
  • A. AFSHARIFAR 1
  • M. MASUMI 2
چکیده [English]

Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV (was isolated from squash samples with symptoms of stunting, leaf blistering and distortion of leaf and fruits, collected in cucurbit fields in Kaftarak area (Shiraz) and verified by ELISA test, designated Fars isolate (ZYMV-F). The virus was propagated in squash plants under greenhouse conditions and purified from infected tissues. The antiserum obtained from purified virus was used in serological tests. Complete sequence of the virus genome was determined using mRNA capture kit and PCR with specific primers followed by cloning and sequencing. Following the sequence walking technique a contig of 9591 bp (JN183062) representing the whole genome of the virus was generated. Phylogenetic analysis based on the nucleotide and amino acid sequence of the whole genome and individual genes showed that ZYMV-F is closest to Israel and Slovakia isolates. Analysis of partial sequence of CP gene showed that ZYMV isolates in Iran are very similar, with Fars and Karaj isolates clustering in the same clade.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Fars
  • Zucchini yellow mosaic virus
  • potyviruses
  • Virus purification
  • Phylogenetic analysis