فراوانی و تعیین ترادف سه جدایه ویروس وای سیب‌زمینی از مزارع توتون و مقایسه فیلوژنتیکی با سایر جدایه‌های دنیا

نوع مقاله: مقاله کوتاه پژوهشی

نویسندگان

1 مسئول مکاتبه

2 نویسنده

چکیده

برای تعیین فراوانی ویروس وای سیب‌زمینی (Potato virus Y, PVY) در تابستان 1389 تعداد 182 نمونه دارای علایم از مزارع توتون استان گلستان جمع‌آوری و با آزمون DAS-ELISA با آنتی سرم چند همسانه‌ای مورد بررسی قرار گرفت. تعداد 90 نمونه آلوده به PVY تشخیص داده شدند. آر ان ای سه جدایه ویروس با استفاده از کیت RNX-Plus استخراج و با یک جفت آغازگر اختصاصی PVY مربوط به ناحیه CP، در واکنش RT-PCR تکثیر شد. نمونه‌های آلوده به PVY پس از الکتروفورز در ژل آگاروز در محدوده bp1000 مورد انتظار، ایجاد باند نمودند. محصول PCR به‌طور مستقیم ترادف‌یابی شد و ترادف‌های به‌دست آمده به طول850 نوکلئوتید همراه با 30 ترادف انتخاب شده از GenBank مقایسه شدند. همردیف‌سازی چندگانه و آنالیز فیلوژنتیک با ClustalX و BLAST در نرم‌افزار BioEdit انجام و درخت فیلوژنتیکی به روش maximum parsimony ترسیم گردید. آنالیز فیلوژنتیک نشان داد که جدایه‌های علی‌آباد و فاضل‌آباد از ایران همراه با جدایه‌های اسپانیا، ایتالیا و بوشهر در یک گروه و جدایه مینودشت همراه با جدایه‌های هلند، بریتانیا و تایوان در گروه دیگر قرار می‌گیرند.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

SEQUENCING OF THREE ISOLATES AND PREVALENCE OF POTATO VIRUS Y IN TOBACCO FIELDS OF GOLESTAN PROVINCE, AND PHYLOGENETIC COMPARISON OF THE IRANIAN AND WORLD ISOLATES OF THE VIRUS

نویسندگان [English]

  • F. ZINATI FAKHRABAD 1
  • S. NASROLLANEJAD 2
  • A. AHMADIKHAH 2
  • M. TAGHINASAB 2
چکیده [English]

To determine the prevalence of Potato virus Y (PVY) in tobacco fields of Golestan province, a total of 182 samples showing virus type symptoms PVY infection in collected samples was assessed using a polyclonal antiserum in DAS-ELISA test. Of all collected samples 90 were infected by PVY. Viral RNA was extracted using RNX-Plus kit. The extracted RNA was reverse transcribed using oligo dT primer to create the respective cDNA, wich was amplified by PCR using a PVY-specific primer pair designed on CP region. After verification on 1% agarose gel in electrophoresis, the expected band of ~1000 bp size was amplified. PCR products were directly sequenced and the sequences of about 850 nucleotides were aligned with 30 sequences of the GenBank. Multiple alignment and phylogenetic analyses were performed by ClustalX and BLAST programs in BioEdit software and phylogenetic dendrogram was produced using maximum parsimony method. The results showed that all PVY sequences can be placed into 4 groups. Aliabad and Fazelabad isolates were grouped with isolates from Italy, Spain and Boushehr, while Minoodasht isolate was grouped with isolates from the Netherlands, United Kingdom and Taiwan.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Tobacco
  • potato virus Y
  • DAS-ELISA
  • CP
  • Phylogenetic analysis