تعیین ویژگی‌های ژنوم کامل یک جدایه ویروس کوتولگی زرد جو (BYDV-PAV) از ایران

نوع مقاله: مقاله کامل پژوهشی

نویسندگان

1 نویسنده

2 مسئول مکاتبه

چکیده

ویروس‌های کوتولگی زرد جو یکی از مهمترین ویروس‌های غلات در دنیا می باشند. بررسی‌های انجام‌شده بیانگر پراکنش ویروس‌های کوتولگی زرد جو (Barley yellow dwarf virus, BYDV) و غلات (Cereal yellow dwarf virus, CYDV) در کشور و غالب بودن BYDV-PAV می‌باشد. به منظور تعیین ترادف کامل ویروس کوتولگی زرد جو (BYDV-PAV) در ایران، جدایه‌ای از منطقه اسفندقه از استان کرمان که دارای علائم شدید آلودگی به ویروس مذکور بود انتخاب شد. استخراج آر. ان. ای کل از بافت گیاهی آلوده به ویروس با استفاده از کیت TM RNX (-plus) (شرکت سیناژن) انجام شد. کل ژنوم ویروس با استفاده از نه جفت آغازگر اختصاصی PAV با روش RT-PCR تکثیر شد. قطعه‌های تکثیرشده با استفاده از InsT/AClone PCR Product Cloning Kit (Fermentas) در پلاسمید PTZ57R/T وارد و در سویه  DH5αباکتری Escherichia coliهمسانه‌سازی شد. آنالیز ترادف نوکلئوتیدی کامل نشان داد که جدایه کرمان ویروس کوتولگی زرد جو (KP771878) با 94% در صد تشابه با جدایه‌های AF235167 (از ایلی نویز آمریکا) و EF043235 (جدایه کانزاس از آمریکا) در یک گروه قرار می‌گیرند در حالیکه در صد تشابه این جدایه با سایر جدایه‌های موجود در بانک ژن کمتر از 90% می‌باشد و کمترین در صد تشابه آن با جدایه AY855920 از چین (78%) است. نتایج حاصل از مقایسه ترادف‌ها در سطح هر یک از ژن‌ها نیز، وجود تنوع زیاد در بین جدایه‌های این ویروس و همچنین احتمال نوترکیبی ژن‌ها را تایید می‌نماید. به طوری که ORF4 حفاظت‌شده‌ترین و ORF6 متغیرترین ناحیه در ژنوم این ویروس است.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Molecular characterization of the complete genome of a barley yellow dwarf virus-PAV isolate from Iran

نویسندگان [English]

  • A. PAKDEL 1
  • A. AFSHARIFAR 2
  • A. NIAZI 1
  • A. NIAZI 1
چکیده [English]

BYDV-PAV is one of the major agents causing yellowing and dwarfing of cereals worldwide. Previous study has been report the wide distribution of BYDVs in Iran and the prevalence of BYDV-PAV in cereal fields of the country. Due to the importance of this virus, and to investigate the taxonomic position of the Iranian isolate, the full length sequence of an Iranian severe isolate of BYDV-PAV from Kerman province (KP771878) was determined. Total RNA was extracted usingRNX (-plus)TM Kit. Nucleic acid extracts were reverse transcribed and amplified using PAV specific primers. The amplified fragments were inserted into PTZ57R/T vector using Ins T/A clone PCR Product Kit (MBI Fermentas) and cloned in Escherichia coli (DH5α) and sequenced. Complete nucleotide sequence of this isolate comprises 5668 nucleotides. Sequence analysis at nucleotide level showed that the Kerman isolate has maximum homology of about 94% with two American isolates (AF235167 and EF043235) of BYDV-PAV and grouped in the same cluster, while it showed the least similarity with a Chinese isolate of BYDV-PAV (AY855920) with only 78% homology. In addition, nucleotide sequence comparison of each ORF showed that the ORF4 was the most conserved while the ORF6 was the most divergent regions.

کلیدواژه‌ها [English]

  • -PAV
  • full length sequencing
  • Luteoviruses
  • Phylogenetic analysis
  • RT-PCR