بررسی مولکولی و فیلوژنتیکی جدایه‌های جنس Rhizopus بر اساس منطقه ITS و مناطق D1-D2 از DNA ریبوزومی *

نوع مقاله: مقاله کامل پژوهشی

نویسندگان

1 مسئول مکاتبه

2 نویسنده

چکیده

سی و هفت جدایه از جنس Rhizopus به دست آمده از میزبان‌های مختلف در استان‌های تهران، آذربایجان غربی، یزد و کردستان جهت مطالعات تاکسونومیکی مورد بررسی قرار گرفتند. منطقه ITS شامل ژن 5.8S و مناطق D1-D2 مربوط به DNA ریبوزومی با استفاده از جفت آغازگرهای ITS1/NL4 تکثیر شدند. محصولات تکثیر شده توسط PCR با استفاده از آنزیم‌های برشی HaeIII، RsaI، HinfI و MspI مورد هضم آنزیمی قرار گرفتند و هفت جدایه نماینده، انتخاب شده و توالی‌یابی شدند. توالی‌های بهدستآمدهبا23توالیاز بانک ژن مقایسهشدند. براساس آنالیزفیلوژنتیکومحاسبهفاصله ژنتیکی جدایه‌های Rhizopus در سه گروه قرار گرفتند. بر اساس نتایج به دست آمده، سه گونه شناسایی شد:  R. lyococcus، R. stolonifer var. stoloniferو R. oryzae. گونه R. lyococcusبرای نخستین بار از ایران گزارش می‌شود. هر سه گونه شناسایی شده برای اولین بار از میزبان‌های هلو، شلیل، زردآلو، توت‌فرنگی، طالبی، خرمالو، آفتاب‌گردان و گوجه‌فرنگی از ایرانجداسازی شده‌اند و گونه R. stolonifer var. stolonifer برای اولین بار از روی شلیل از دنیا گزارش می‌شود. در این تحقیق نشان داده شد که مناطق D2-D1 از بخش LSU در DNA ریبوزومی نسبت به منطقه ITS در فیلوژنی این جنس مناسب‌تر است.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

MOLECULAR AND PHYLOGENETIC ANALYSIS OF RHIZOPUS ISOLATES BASED ON It’s REGION AND D1-D2 REGIONS OF rDNA *

نویسندگان [English]

  • P. MOHAMMADI 1
  • H.R. ETEBARIAN 2
  • R. ZARE 2
  • M. EBRAHIMI 2
چکیده [English]

For taxonomic studies, 37 isolates of the genus Rhizopus obtained from various hosts in Tehran and west Azarbaijan provinces were investigated. Internal transcribed spacer (ITS) region and D1-D2 regions of the large subunit ribosomal DNA were amplified using ITS1/NL4 primer pair. Amplified products were digested with four restriction endonucleases HaeIII, RsaI, HinfI and MspI and seven representative isolates were selected and sequenced. These and 23 isolates from GenBank were analyzed to determine their phylogenetic relationship. In contrast to the extreme variation of the ITS region and  D1/D2 regions of LSU rDNA proved to be valuable in the phylogeny of the genus Rhizopus. Based on the results, 37 isolates were divided into three groups, R. lyococcus, R. stolonifer and R. oryzae. R. lyococcus is a new record for Iran which is the first report of  R. stolonifer on nectarines and R. oryzae on persimmons and nectarines. R. stolonifer on nectarines is a new record for the world.

کلیدواژه‌ها [English]

  • phylogeny
  • species
  • Classification
  • Taxonomy
  • rDNA