بررسی تنوع فنوتیپی و ژنوتیپی اروینیاهای پکتولیتیک جدا شده از میزبان‌های زینتی در بخش‌هایی از شمال ایران

نوع مقاله: مقاله کامل پژوهشی

نویسندگان

1 نویسنده

2 مسئول مکاتبه

چکیده

طیف وسیعی از باکتری‌های پکتولیتیک سبب خسارت به گیاهان زینتی می‌شوند. شناسایی دقیق عامل بیماری و بررسی تنوع فنوتیپی و ژنوتیپی باکتری‌ها، برای اعمال روش‌های کنترل مؤثر، ضروری است. تعداد 38 جدایه باکتری از برگ و قسمت‌های گوشتی گیاهان زینتی از گلخانه‌های مختلف استان‌های گیلان، گلستان، شرق مازندران و شهر مشهد جداسازی شد. جدایه‌ها از نظر ویژگی‌های فنوتیپی، بیماری‌زایی، نقوش الکتروفورزی پروتئین‌های سلولی و انگشت نگاری DNAی ژنومی مورد مقایسه قرار گرفتند. بر اساس خصوصیات فنوتیپی افتراقی، جدایه‌ها در جنس‌های  Pectobacterium، Dickeyaو بینابین آنها قرارگرفتند. در آنالیز عددی خصوصیات بیوشیمیایی و فیزیولوژیکی افتراقی، جدایه‌های منتسب به جنس‌های بالا در 12 گروه دسته‌بندی شدند. جدایه‌های گیاهان زینتی در الگوی پروتئین‌های سلولی متنوع بودند. این روش در دسته‌بندی مقدماتی جدایه‌ها مفید بود. با به کارگیری آغازگرهای ERIC، REP و BOX، قطعات DNA ی ژنومی جدایه‌های نماینده به همراه 11 جدایه استاندارد تکثیر و الکتروفورز گردید. بر اساس الگوی به دست آمده از هر سه آغازگر، جدایه‌های گیاهان زینتی با اختلاف زیادی در کنار استانداردها گروه‌بندی شدند.به نظر می‌رسد rep- PCR در گروه‌بندی جدایه‌های اروینیای پکتولیتیک از قابلیت کافی برخوردار نیست.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

PHENOTYPIC AND GENOTYPIC DIVERSITY OF PECTOLYTIC ERWINIAS ISOLATED FROM ORNAMENTAL HOSTS IN SOME NORTHERN PARTS OF IRAN

نویسندگان [English]

  • S. BAGHAEE RAVARI 1
  • M. SHAMS-BAKHSH 2
  • H. RAHIMIAN 1
  • N. SAFAE 1
چکیده [English]

A wide range of pectolytic bacteria inflict damages in ornamental plants. Accurate identification and determination phenotypic and genotypic variation in populations of these bacteria are necessary to implement effective control methods. Thirty-eight isolates of leaf and fleshy parts of ornamental plants from different greenhouses in Guilan, Golestan, East of Mazandaran and Mashhad were collected. The phenotypic features, electrophoretic pattern of cell proteins and DNA fingerprints of the isolates were studied. According to the differential phenotypic characteristics, the isolates were assigned to Pectobacterium, Dickeya and Intermediate species. In numerical analysis of biochemical and physiological features, the isolates were divided to 12 groups. The cell protein pattern of the isolates was diverse and was only useful for preliminary grouping of the isolates. Genomic DNA fragments of representative isolates and eleven references strains were amplified with ERIC, BOX and REP primers. According to the combined dendrogram of the rep-PCR electrophorograms, the isolates were clustered to several groups at a low level of similarity to the reference strains. It seems that rep-PCR is not a useful approach for differentiation of pectolytic erwinias at species or subspecies levels.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Leaf spot
  • Soft rot
  • Ornamental plants
  • rep-PCR