مقایسه روش‌های مختلف ردیابی باکتری Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli در بذر لوبیا* Comparison of different methods for detection of Xanthomonas axonopodis pv.phaseoli in bean seeds

نوع مقاله: مقاله کامل پژوهشی

نویسندگان

1 نویسنده

2 مسئول مکاتبه

چکیده

در سالهای اخیر بیماری سوختگی معمولی لوبیا خسارات زیادی را به مزارع لوبیا در ایران وارد کرده است. اصلی‌ترین منبع گسترش این بیماری کاشت بذور لوبیای آلوده به  axonopodis pv. phaseoli Xanthomonas می‌باشد و لذا اطمینان از عدم آلودگی بذور به عامل بیمارگر در کنترل بیماری نقش اساسی دارد. در این بررسی کارایی روش‌های الایزای غیر مستقیم، آزمون PCR مستقیم، Ic-PCR  و  Bio-PCRبرای ردیابی X. axonopodis pv. Phaseoli  در بذور جمع آوری شده لوبیا از مزارع آلوده استان مرکزی مقایسه شد. به این منظور، عصاره بدست آمده از غوطه وری بذور مورد آزمایش در آب و بافر، برای انجام آزمایشهای الایزای غیر مستقیم و PCR مستقیم با جفت آغازگر اختصاصی X4e /X4c به کار رفت. در آزمون  Ic-PCR استخراج DNA پس از به دام انداختن سلول‌های باکتری X. axonopodis pv. phaseoli موجود درعصاره بذور با گاماگلوبولین و در روش Bio-PCR بعد از رشد باکتری روی محیط کشت نیمه انتخابی، به روش جوشانیدن صورت گرفت. بر اساس نتایج بدست آمده، در آزمون الایزای غیر مستقیم تعداد 104 الی 105 واحد  تشکیل  دهنده پرگنه در میلی‌لیتر از باکتری X. axonopodis pv. phaseoli دربذر قابل ردیابی بود. عدم تکرار پذیری نتایج PCR مستقیم نشان داد که این روش نیز برای ارزیابی آلودگی بذور به X. axonopodis pv. phaseoli مناسب نیست. روش Ic-PCR نیز علیرغم کارایی مناسب، به دلیل هزینه‌بری زیاد مورد توجه قرار نگرفت. در روش Bio-PCR حتی یک سلول زنده از باکتری در عصاره حاصل از غوطه‌وری بذور در بافر شستشو ردیابی گردید. بنابر این به نظر می رسد روش Bio-PCR به دلیل حساسیت زیاد، سادگی روش و هزینه کمتر، روش مناسبتری برای ردیابیX. axonopodis pv. phaseoli در بذر لوبیا باشد.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

COMPARISON OF DIFFERENT METHODS FOR DETECTION OF XANTHOMONAS AXONOPODIS PV.PHASEOLI IN BEAN SEEDS

نویسندگان [English]

  • A. AKHAVAN 1
  • M. BAHAR 2
  • G. SAEIDI 1
  • M. LAK 1
چکیده [English]

In recent years, bean common blight as become a destructive disease has caused serious yield losses in Iran. Infected seed is known as the major source of primary inoculum and serves pathogen to disseminate elsewhere. Therefore, using pathogen-free seed is an important factor in disease management. In this study, capability of several detection methods including Indirect ELISA, Direct PCR, Bio-PCR and Ic-PCR were compared for monitoring of X. axonopodis pv. phaseoli in bean seeds collected from Markazi province fields. The extractions of seed samples soaked in washing buffer and distilled water separately, were used for Indirect ELISA and PCR amplification with a species specific pairs of primer X4cX4e. In Ic-PCR, seed extracts were loaded in wells which were coated with immunoglobulin and the sample DNA after boiling was subjected to PCR. For Bio-PCR assay, aliquots of the extracts were plated onto semi-selective modified nutrient broth yeast extract agar. The growing colonies were suspended in sterile distilled water and after boiling applied for PCR amplification. The results indicated that sensitivity of Indirect ELISA was low and at least 105 cfu/ml needed as detection threshold. The results for direct PCR were not reproducible and  Ic-PCR was found an expensive method. The Bio-PCR technique was considered as a reliable and specific method which able to detect as little as 1 cfu/ml in seed extracts plated on semi-selective media. Comparing the results indicated that the Bio-PCR assay is suitable for sensitive and routine testing of seed samples of beans for presence of X. axonopodis pv. phaseoli.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Bean common blight
  • Bean seeds
  • ELISA
  • Bio- PCR
  • X. axonopodis pv. phaseoli