ترادف نوکلئوتیدی و ویژگی های ساختاری دو واریانت جدید ویروئید کوتولگی رازک از مرکبات استان فارس

نوع مقاله: مقاله کامل پژوهشی

نویسندگان

1 مسئول مکاتبه

2 نویسنده

چکیده

ویروئید کوتولگی رازک (HSVd) در سال های اخیر به عنوان عامل همراه با بیماری های زرد و چوب پنبه ای شدن رگبرگ در درختان پرتقال واشنگتن ناول و شقاقی شدن پوست لیموشیرین از مرکبات استان فارس و به عنوان عامل بیماری کاککسیای مرکبات از استان مازندران گزارش گردیده است که نشان دهنده اهمیت این عامل بیماری زا در ایران است. در این مطالعه تعدادی نمونه بدون علائم مشخص از باغ های مرکبات استان فارس از نظر وجود ویروئید، مورد بررسی قرار گرفتند. پس از استخراج آر اِن اِ و انجام واکنش زنجیره ای پلیمراز با ترانویسی معکوس، ژنوم کامل 3 جدایه ویروئید موجود در نمونه‌ها تعیین ترادف شد و با ژنوم کامل دو جدایه از استان فارس و دو جدایه ویروئید کوتولگی رازک از استان مازندران که قبلاً تعیین ترادف شده بودند و برخی دیگر از جدایه‌های HSVd از سایر نقاط جهان مقایسه گردید. این مطالعه نشان داد که حداقل دو واریانت جدید ویروئید کوتولگی رازک در مرکبات استان فارس وجود دارد. از نظر فیلوژنتیکی، جدایه‌های HSVd از استان فارس برخلاف جدایه‌های استان مازندران، در گروه های مختلف جای گرفتند. جدایه HSVd-cit 1 از لیمو شیرین از تمام جدایه‌های دیگر مورد مطالعه متفاوت بود و خود در یک گروه مستقل قرار گرفت. این امر بیانگر تنوع بیشتر جدایه‌های HSVd استان فارس در مقایسه با جدایه‌های استان مازندران می باشد.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

NUCLEOTIDE SEQUENCE AND STRUCTURAL FEATURES OF TWO NOVEL VARIANTS OF HOP STUNT VIROID cDNA FROM CITRUS PLANTS IN FARS PROVINCE

نویسندگان [English]

  • S. A. A. BAGHERIAN 1
  • K. IZADPANAH 2
  • A. AFSHARIFAR 2
  • S. A. A. BEHJATNIA 2
چکیده [English]

 
Hop stunt viroid (HSVd) isolates have been reported as a causal agent of citrus cachexia in Mazandaran province and recently shown to be associated with yellow corky vein disease of sweet orange and split bark disorder of sweet lime in the Fars province. These observations indicate the importance of this viroid in citrus cultivations in Iran. In this study a number of symptomless citrus trees were sampled and studied for viroid infection. After RNA extraction, reverse transcription-polymerase chain reaction was conducted and the full length genomes of viroids were cloned and sequenced. Three HSVd isolates from Fars were selected and used for comparison with another two HSVd variants from Fars, two HSVd isolates from Mazandaran, and a number of other sequences from GenBank. On the basis of homology, Mazandaran isolates clustered in a single group whereas Fars isolates were placed in different groups. HSVd-cit1 from Fars was different from all other variants and formed a separate cluster. This indicates the exictence of more variation in the genome of the Fars HSVd isolates than Mazandaran isolates.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Viroid
  • HSVd
  • phylogeny
  • citrus viroids
  • hop stunt viroid