بررسی وضعیت تاکسونومیکی جدایه‌های اکسیداز مثبت سودوموناس دخیل در پوسیدگی غلاف برنج در استان مازندران با استفاده از – RFLP 16S rRNA‌*

نوع مقاله: مقاله کامل پژوهشی

نویسندگان

1 نویسنده

2 مسئول مکاتبه

چکیده

به‌منظور شناسایی و بررسی روابط جدایه‌های اکسیداز، آرژنین دی هیدرولاز مثبت جنس سودوموناس دخیل در پوسیدگی غلاف برنج، 35 جدایه جمع‌آوری شده همراه با سه جدایه استاندارد با استفاده از آزمون‌های بیماری‌زایی، بیوشیمیایی و الگوی نقوش پروتیینی مورد ارزیابی قرار گرفتند. براساس تجزیه و تحلیل خوشه‌ای داده‌های بیوشیمیایی، جدایه‌ها در چهار کلاستر متمایز و دو گروه تک‌عضوی گروه‌بندی شدند. با مقایسه نقوش پروتیینی و هم‌چنین خصوصیات بیماری‌زایی، نوع رقم و محل جغرافیایی جدایه‌های مورد مطالعه، یک یا چند جدایه نماینده از هریک از این کلاستر‌ها انتخاب شدند. جدایه‌های نماینده به همراه سه گونه استاندارد Pseudomonas fuscovaginae،P. marginalis وP. fluorescense با استفاده از PCR – RFLP ژن 16S rRNA مورد مطالعه قرار گرفتند. با تجزیه و تحلیل خوشه‌ای داده‌های حاصل از الگو‌های برشی آنزیم‌های محدود شکن این جدایه‌ها در شش خوشه و ژنوتیپ متمایز از هم گروه‌بندی شدند. جدایه‌های بیماری‌زای مورد مطالعه در چهار ژنوتیپ شامل P. marginalis و سه ژنوتیپ متمایز از هم و متفاوت از جدایه‌های استاندارد مورد مقایسه قرار گرفتند. هیچ یک از جدایه‌های مورد مطالعه دارای ژنوتیپ مشابه جدایه استاندارد P. fuscovaginaeکه یکی از مهم‌ترین عوامل پوسیدگی و تغییر رنگ دانه می‌باشد، نبودند.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

TAXONOMIC STUDY OF ARGININE DIHYDROLASE , OXIDASE – POSITIVE Pseudomonas SPECIES ASSOCIATED WITH SHEATH ROT OF RICE BY RFLP – PCR OF 16S rRNA*

نویسندگان [English]

  • E. SABERI 1
  • N. SAFAIE 2
  • H. RAHIMIAN 1
  • M. ROSTAMI 1
چکیده [English]

To study the relationships among arginine dihydrolase and oxidase – positive strains of Pseudomonas associated with sheath rot of rice, the strains were characterized in parallel with three standard strains by using pathological and biochemical tests, protein fingerprints and PCR – RFLP of 16S rRNA. Cluster analysis of phenotypic characters grouped the strains into four main clusters and two single – membered groups. Comparison of fingerprints of each cluster as well as other characteristics including pathogenicity, type of tissues they were isolated from and geographical origin were used to select one or more representative strains from each clusters. Representative strains and three standard arginine dihydrolase and oxidase – positive strains of Pseudomonas were studied using the 16S rRNA – RFLP. Cluster analysis of the data produced by different restriction enzymes was used to group the strains into six distinct clusters (genotypes). Pathogenic strains were divided into four genotypes including P. marginalis and three other genotypes which were also distinct from standard strains, P. fuscovagina and P. fiuorescens. None of the strains was similar to the standard strain of P. fuscovaginae, wich is considered to be the main causal agent of sheath rot and grain discoloration of rice.

کلیدواژه‌ها [English]

  • برنج
  • پوسیدگی باکتریایی غلاف برگ پرچم
  • 16S rRNA – RFLP