ارزیابی تنوع ژنتیکی جدایه‌های مخمری عامل شانکر درختان میوه هسته‌دار در برخی از استان‌های مرکزی ایران

نوع مقاله: مقاله کامل پژوهشی

نویسندگان

1 مسئول مکاتبه

2 نویسنده

چکیده

چکیده
شانکر یکی از خسارت‌زاترین بیماری‌های درختان میوه هسته‌دار است که سبب ایجاد زخم‌های فرورفته تیره رنگ همراه با تراوش صمغ بر روی سرشاخه‌ها، شاخه‌ها و تنه درختان آلوده می شود. بیماری از مناطق مختلفی از ایران گزارش شده و نشان داده شده است که عمدتا توسط Pseudomonas   syringae   pv.  syringaeو در موارد کمتری به وسیلهXanthomonas   arboricola  pv.  pruniایجاد می شود. برای ارزیابی پراکندگی عوامل بیماری، نمونه‌هایی از درختان آلوده باغ‌های استان‌های اصفهان، چهارمحال و بختیاری، قم و یزد جمع‌آوری گردید. بخش‌های دارای علائم شاخه‌ها پس از ضد عفونی سطحی، در آب مقطر استریل خرد شده و سوسپانسیون به دست آمده روی محیط آگار غذایی حاوی سوکروز کشت گردید. کلونی‌های غالب روی محیط یاد شده برجسته، سفید مایل به خاکستری و خمیری شکل بودند. بیماریزایی نماینده‌هایی از جدایه‌ها روی نهال‌های هلو (Prunus persica) به اثبات رسید. DNA ژنومی از نماینده‌ها استخراج و قطعه‌ای از ژن RNA ریبوزومی 26S آن‌ها با PCR تکثیر و توالی‌یابی گردید. مقایسه توالی این ناحیه با توالی‌های مشابه در ژن بانک نشانگر تشابه بالای آن‌ها با گونه‌های Cryptococcus بود. تنوع ژنتیکی بیست و هفت جدایه به دست آمده با یکدیگر و با دو جدایه مرجع Cryptococcus adeliensisوC. magnus با به کارگیری آغازگرهای ERIC، BOX و REP بررسی شد. در دندروگرام رسم شده بر پایه تجمیع نتایج حاصل از سه نشانگر، جدایه‌ها در سطح تشابه 30% در 12 گروه قرار گرفتند. نتایج نشانگر وجود تنوع قابل توجه در بین جدایه‌های عامل شانکر درختان میوه هسته‌دار در مناطق مرکزی ایران است..

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Assessment of genetic diversity of yeast isolates causing canker in stone fruit trees in some central provinces of iran

نویسندگان [English]

  • M. Dehghan-Niri 1
  • H. Rahimian 2
چکیده [English]

Canker is one of the most damaging diseases of stone fruit trees which incites depressed brown to black lesions, often accompanied by exudation of gum, on twigs, branches and trunk of affected trees. The disease has been reported from different areas of Iran and shown to becaused by Pseudomonas   syringae   pv.  Syringae a fewcase by Xanthomonas   arboricola  pv.  pruni. To assess the distribution of the causal organisms samples were taken from fruit orchards in these regions. The stem tissues with canker symptoms were surface-disinfected in sodium hypochlorite, washed with sterile distilled water minced in drops of SDW. The suspension was plated on sucrose nutrient agar. The predominant colonies appearing on SNA were grayish-white, round and pasty. Representative isolates  were tested for pathogenicity on peach seedling. Genomic DNA was extracted and  a fragment of the 26S rRNA of the representative isolates was amplified by PCR and sequenced. The nucleotide sequence of 26S rRNA gene of the representative isolates showed high homology with sequences of Cryptococcus species. Comparison of their sequences with those deposited in GenBank. Also 27 isolates along with reference strains of Cryptococcus adeliensis and C. magnus  were genetically characterized by using ERIC, REP, and BOXAIR primers in PCR. Cluster analysis was performed using NTSYS program. The isolates were separated into 11 genotypic groups by the concatenated data of rep-PCR at 33 % similarity level. The results demonstrated the existence of a considerable genetic diversity among isolates causing canker of stone fruit trees in the central provinces of Iran.
 

کلیدواژه‌ها [English]

  • rRNA
  • Canker
  • 26S
  • Cryptococcus
  • rep-PCR