جداسازی و آنالیز فیلوژنتیکی یک جدایه ویروس پیچیدگی برگ شلغم از گیاه تاتوره

نوع مقاله: مقاله کامل پژوهشی

نویسندگان

چکیده

ویروس پیچیدگی برگ شلغم (Turnip curly top virus,TCTV) به­ عنوان ویروس تیپ جنس Turncurtovirus از خانواده Geminiviridae چند سال قبل از ایران گزارش گردید. این ویروس دارای دامنه میزبانی وسیعی در میان سبزیجات و علف‌های هرز است. در این پژوهش، آلودگی گیاه تاتوره (Datura stramonium L.) با علائم زردی عمومی، پیچیدگی شدید و فنجانی شدن برگ‌ها با استفاده از آزمون پی سی آر، به TCTV اثبات گردید. سپس طول کامل ژنوم ویروس با تلفیق پی سی آر و روش تکثیر دایره غلتان (rolling circle amplification, RCA) و استفاده از یک جفت آغازگر همپوشان تکثیر و بعد از همسانه‌سازی، در ناقل pJET1.2 تعیین ترادف گردید و ترادف بدست آمده به لحاظ فیلوژنتیکی مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. نتایج بدست آمده بیانگر آن است که جدایه تاتوره دارای بیشترین و کمترین میزان شباهت (بترتیب 2/99 و 8/85 درصد) با جدایه‌های همین ویروس می‌باشد که پیشتر بترتیب از گیاهان شلغم و ترب گزارش شده‌اند. به رغم مشابهت بالای ترادف نوکلئوتیدی ژنوم جدایه تاتوره با جدایه شلغم، پروتئین rep رمزشده توسط جدایه تاتوره در انتهای N-terminal دارای 14 اسیدآمینه بیشتر است. در میان نژادهای پنج گانه TCTV، جدایه تاتوره متعلق به نژاد C بوده و در کنار جدایه‌هائی قرار می‌گیرند که قبلا از گیاه شلغم یا از بدن زنجرک‌ها گزارش شده است. نتایج این تحقیق، بار دیگر دامنه میزبانی وسیع تِرنکِرتوویروس‌ها در علف‌های هرز و نقش آن­ها را در آلودگی سبزیجات تائید می‌کند.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Isolation and phylogenetic analysis of the jimsonweed isolate of Turnip curly top virus

نویسندگان [English]

  • M. Kamali
  • J. Heydarnejad
  • H. Massumi
چکیده [English]

Turnip curly top virus (TCTV) is a type member of the genus Turncurtovirus previously reported from Iran. TCTV has a wide host range among vegetables and weeds. In this study, the TCTV infection of the symptomatic jimsonweed (Datura stramonium L.) showing general yellowing, severe curling and cup-shaped leaves was confirmed by PCR. Full-length genome of this isolate was amplified using combination of the PCR and rolling circle amplification (RCA) and cloned into the pJET1.2 vector. Resulted nucleotide sequence indicated that the jimsonweed isolate of TCTV shares maximum and minimum identities (85.8-99.2%) with turnip and radish isolates of TCTV, respectively. In spite of high similarity between full-length nucleotide sequence of jimsonweed and several GenBank isolates, predicted rep protein of the jimsonweed isolate has an additional 14 amino acid residues at the N-terminal. Among five TCTV strains, the jimsonweed isolate was classified in the strain C with turnip and leafhopper isolates of the virus. Results of this study again confirm wide host range of turncurtoviruses in weeds and the role of wild species in infection of vegetables.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Geminivirus
  • Turncurtovirus
  • Turnip curly top virus
  • jimsonweed
  • rolling circle amplification