شناسایی مورفولوژیک و مولکولی عامل بوته میری خیار در رفسنجان

نوع مقاله: مقاله کامل پژوهشی

نویسندگان

1 مسئول مکاتبه

2 نویسنده

چکیده

بیماری بوته‌میری خیار از جمله عوامل محدود کننده کشت خیار که باعث خسارت قابل توجهی در گلخانه‌های تجاری می‌شود. به منظور شناسایی عوامل بیماری زا، نمونه‌برداری و جداسازی عامل بیماری طی سال‌های 1388 تا 1390 از گلخانه‌های تجاری خیار در رفسنجان انجام شد. تعداد 23 جدایه پیتیوم با استفاده از محیط کشت انتخابی جداسازی و بیماریزایی جدایه‌ها روی گیاهچه‌های خیار ارزیابی و اثبات گردید. شناسایی بیمارگر بر‌اساس ریخت شناسی پرگنه، ویژگی‌های میکروسکوپی و روش مولکولی انجام شد. بر اساس ویژگی‌های میکروسکوپی گونه P. aphanidermatumشناسایی گردید. توالی نوکلئوتیدی دی ان ای ناحیه ترانوبسی شونده داخلی ریبوزومی (rDNA-ITS) جدایه‌های انتخابی تعیین و به بانک ژن ارسال گردید.جستجوی تشابه با GenBank-BLAST با استفاده از توالی‌ ناحیه rDNA-ITS نشان داد کهP. aphanidermatumثبت شده در بانک ژن با شماره ثبت AB355599 شبیه‌ترین توالی (بیش از99درصد تشابه) به جدایه به‌دست آمده می‌باشد. شناسایی و ردیابی مولکولی P. aphanidermatum از بافت آلوده بر اساس تکثیر قطعه اختصاصی از ناحیه rDNA-ITS با استفاده از آغازگراختصاصی Paph54F/ITS2 انجام و اختصاصیت و حساسیت آغازگر بررسی شد. نتایج نشان داد که جفت آغازگر مزبور برای ردیابی بیمارگر P. aphanidermatum بسیار اختصاصی و قادر به تکثیر قطعه 200 جفت بازی می‌باشد. از طرفی قادر به ردیابی کمتر از fg200 از DNA خالص بیمارگر در PCR معمولی می‌باشد. استفاده از آغازگرطراحی شده زمینه ردیابی P. aphanidermatum از بافت، آلوده را فراهم ‌می‌نماید و هیچ باندی در تکثیر با DNA به‌دست آمده از بافت خیار سالم دیده نمی‌شود.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

IDENTIFICATION OF CUCUMBER DAMPING-OFF BASED ON MORPHOLOGICAL AND MOLECULAR CHARACTERIZATIONS IN RAFSANJAN

نویسندگان [English]

  • H. ALAEI 1
  • F. ROSTAMI 2
چکیده [English]

Cucumber damping-off is a limiting factor in commercial greenhouse production. To determine the causal agents of disease, sampling and fungal isolation were performed during 2009 and 2011. A total of 23 isolates of Pythium sp. were obtained using selective media. Their pathogenicity was evaluated on cucumber seedlings under greenhouse conditions. All isolates were pathogenic. Morphological and molecular identifications of the isolates were performed. P. aphanidermatum was identified based on microscopic characteristics. The complete sequences of ribosomal DNA internal transcribed spacers regions of selected isolates were determined and submitted to GenBank. The GenBank-BLAST homology search revealed P. aphanidermatum as the most similar sequence (> 99% identity) with GenBank entry AB355599. PCR primers were designed for the identification of P. aphanidermatum in which had a unique ITS sequence. The PCR primer combination Paph54F/ITS2 was species-specific with no cross-reaction to other Pythium species or to soil borne cucumber fungal pathogens tested. The detection limit was as little as 200 fg pure genomic DNA. P. aphanidermatum could be detected in lesions of infected cucumber stem tissue. No signals were obtained from healthy cucumber tissue DNA.

کلیدواژه‌ها [English]

  • DNA extraction
  • Sequencing
  • ITS
  • Conventional PCR
  • Detection