انجمن از آغاز شکل‌گیری خود در فکر انتشار نشریه‌ای بود. بر این اساس در سال 1342 شروع به انتشار نشریه‌ای با عنوان "بیماریهای گیاهی" نمود، که اولین شماره آن در دیماه 1342 انتشار یافت. این نشریه در آغاز جنبه خبری داشت ولی به مرور بر کیفیت و محتوی مقالات آن افزوده گردید تا اینکه در سال 1372 به عنوان بهترین نشریه علمی-پژوهشی در رشته کشاورزی در ایران شناخته شد و لوح تقدیری از وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی از این بابت دریافت نمود. بیماریهای گیاهی نخست به صورت پلی‌کپی (از شماره 1 تا 8، جلد اول) سپس به صورت افست (از شماره 9 تا 12، جلد دوم و شماره 1 جلد سوم) انتشار یافت. از شماره 2 جلد سوم به بعد به صورت چاپ شده در قطع وزیری (تا جلد 44 سال 1388) و هم‌اکنون در قطع رحلی (از جلد 45 سال 1389) منتشر می‌شود. مقالات تا قبل از چاپ نشریه فقط به فارسی و از زمان چاپ (از شماره 2 جلد سوم) با فارسی و خلاصه انگلیسی یا با انگلیسی و خلاصه فارسی تهیه و انتشار می‌یابند. اعضاء هیات تحریریه این نشریه از همان ابتداء براساس آئین‌نامه‌ای توسط اعضاء پیوسته انجمن هر دو سال یکبار و در مجمع عمومی عادی انتخاب می‌گردند. هزینه چاپ و انتشار این نشریه از ابتداء تا جلد 43 سال (1386) با کمک مالی موسسه تحقیقات گیاه‌پزشکی کشور پرداخت شده (به استثناء شماره‌های 3 و 4 جلد 13 و جلد‌های 14 و 15 که با کمک مالی شورای پژوهشهای علمی کشور (وزارت علوم، تحقیقات و فنآوری) منتشر شده است) و از جلد 44 (سال 1387) به بعد انجمن از محل اعتبارات خود هزینه‌های مربوط را می‌پردازد. ضمنا این موضوع قابل به ذکر است که در سال 1347 نشریه بیماریهای گیاهی به دلیل مشکلاتی انتشار نیافته است.