تعیین ترادف شش جدایه ایرانی ویروس موزائیک هندوانه و مقایسه فیلوژنتیکی جدایه های ایران با سایر جدایه های دنیا

نوع مقاله: مقاله کامل پژوهشی

نویسندگان

1 نویسنده

2 مسئول مکاتبه

چکیده

ویروس موزائیک هندوانه(Watermelon mosaic virus, WMV) یکی از  پوتی ویروس های مهم و گسترده در دنیا است که به کدوئیان خسارت وارد می کند. به منظور ردیابی وتعیین پراکنش این ویروس در مزارع استان گلستان179 نمونه از گیاهان دارای علائم موزائیک کدو، هندوانه، خربزه و خیار از شش منطقه از استان گلستان جمع آوری و با آنتی سرم WMV در آزمون DAS-ELISA مورد بررسی قرار گرفت و از تعداد مزبور 28 نمونه آلوده به WMV تشخیص داده شدند. برای تعیین جایگاه تاکسونومیکی جدایه های گرگان در میان سایر جدایه های دنیا، چهار جدایه از کدو و هندوانه از این استان، به همراه دو جدایه کدو از شیراز و مشهد، برای آزمون RT-PCR با یک جفت آغازگر اختصاصی طراحی شده از ناحیه CP ، انتخاب شدند. محصول PCR بطور مستقیم ترادف یابی شد و ترادف های بدست آمده هر یک شامل 964 نوکلئوتید با 41 ترادف  از GenBank مقایسه شدند. آنالیز فیلوژنتیک و محاسبه فاصله ژنتیکی (genetic distance) و تنوع (diversity) نشان داد که جدایه‌های WMV از تمام دنیا در 6 گروه قرار می‌گیرند وجدایه‌های مشهد و گرگان از ایران همراه با جدایه‌های اسپانیا، استرالیا وفرانسه در یک گروه و جدایه شیراز همراه با جدایه‌های ژاپن در گروه دیگر قرار می گیرند. فاصله ژنتیکی بین گروه‌ها و داخل گروه‌ها نیز نتایج فوق را تائید کردند. محاسبه تنوع ژنتیکی (π) نشان داد که به رغم تنوع وسیع این ویروس در دنیا میزان تنوع آن در یک منطقه مانند اروپا بسیار پائین است. محاسبه تنوع جمعیت های مختلف دنیا نشان دهنده افزایش میزان این تنوع از غرب به شرق است. در شرق آسیا بیشترین میزان تنوع میزبانی و مولکولی دیده می شود.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

SEQUENCING OF SIX IRANIAN ISOLATES OF WATERMELON MOSAIC VIRUS AND PHYLOGENETIC COMPARISON OF IRANIAN ISOLATES WITH OTHER ISOLATES OF THE WORLD

نویسندگان [English]

  • S. SHOEIBI 1
  • M. MASUMI 2
  • S. NASROLLANEZHAD 1
  • S. HEYDARI 1
  • K. IZADPANAH 1
  • A. AHMADIKHAH 1
چکیده [English]

                Watermelon mosaic virus (WMV) is one of the most economically important and widespread viruses of cucurbitacous plant in the world. To study geographical distribution of WMV in Golestan province, 179 samples of pumpkin, watermelon, melon and cucumber were collected in six regions of the province and subjected to DAS-ELISA using WMV antiserum. four ELISA positive samples plus two other isolates from Shiraz and Mashhad were subjected to RT-PCR to clone and sequence the CP region of the genome. These and 41 isolates from the GenBank were analyzed to determine  their phylogenetic relationship. The results showed that all WMV sequences can be placed into 6 clades. Iranian isolates fall into two distinct clades. Golestan and Mashhad isolates were grouped with isolates from Europe, Mediterranean and Australia, while Shiraz isolate was grouped with two isolates from Japan. Genetic distance between and within groups confirmed the phylogenetic results. Genetic diversity (π) calculation showed that, in spite of presence of remarkable variation in the isolates of WMV in the world, the genetic diversity in the distinct regions such as Europe is very low. Analyses of genetic diversity within different populations of WMV in the world showed that the diversity increases from the West          to the East. Maximum molecular and host variation occur in Eastern Asia. 

کلیدواژه‌ها [English]

  • Watermelon mosaic virus
  • DAS-ELISA
  • RT-PCR
  • CP
  • phylogenetic analyses
  • Genetic diversity
  • potyvirus