نوع مقاله : گزارش کوتاه

نویسندگان

1 دانشگاه جیرفت

2 دانشگاه شهید باهنر کرمان

چکیده

جنس Begomovirus بزرگترین جنس در خانواده Geminiviridae است. در این مطالعه، یک نمونه ختمی با علائم مشکوک به آلودگی بگوموویروس‌ها شامل کوتولگی و پیچیدگی شدید برگ از شهرستان‌ جیرفت جمع‌آوری گردید و استخراج دی‌اِن‌‌اِی کل به روش CTAB، براساس دستورالعمل ارائه شده انجام شد. آلودگی این نمونه با روش توالی‌یابی نسل جدید مورد بررسی قرار گرفت. پس از واکاوی اطلاعات NGS، ویروس جزیرای پیچیدگی برگ پنبه (Cotton leaf curl Gezira virus, CLCuGV) و Cotton leaf curl Gezira betasatellite مرتبط با آن از نمونه ختمی بازیابی شد. سپس ژنوم کامل ویروس و بتاستلایت همراه به روش دایره غلتان و با استفاده از کیت آرسی‌اِ تکثیر و سپس همسانه‌سازی و تعیین ترادف گردید. نتایج حاصل از تعیین ترادف، آلودگی گیاه ختمی به ویروس جزیرای پیچیدگی برگ پنبه و بتاستلایت مرتبط به آن را تایید کرد. بر این اساس، طول ژنوم جدایه ایرانی این ویروس و بتاستلایت همراه، به ترتیب 2761 و 1355 نوکلئوتید بدست آمد. به منظور شناسایی سایر میزبان‌های ویروس جزیرای پیچیدگی برگ پنبه، یک نمونۀ آفتاب گردان با علائم شدید چروکیدگی و فنجانی شدن برگ از مزارع دزفول استان خوزستان و پنج نمونۀ بامیه با علائم پیچیدگی شدید برگ از گلخانه‌ها و مزارع جیرفت استان کرمان جمع‌‌آوری شد. آلودگی نمونه‌های فوق به CLCuGV با استفاده از واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز و جفت آغازگرهای اختصاصی اثبات گردید و یک قطعۀ 730 جفت بازی تکثیر شد. وجود بتاستلایت همراه با CLCuGV در نمونه های بامیه و آفتاب گردان نیز با همسانه سازی و تعیین ترادف محصول آر سی اِ اثبات گردید.

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

First report of cotton leaf curl Gezira virus incidence and the associated betasetellite in marshmallow, okra and sunflower in Iran

نویسندگان [English]

  • khadijeh salari 1
  • Jahangir Heydarnejad 2
  • hossain massumi 2
  • vahid hasanvand 2

1 university of jiroft

2 Department of Plant Protection, College of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman, Iran

چکیده [English]

The genus Begomovirus is the largest genus of the family Geminiviridae. In this research, a common marshmallow (Malva sp.) sample with the begomovirus-like symptoms including crinkled and curling leaves was collected in Jiroft. Total DNA was extracted using the CTAB method and subjected to next generation sequencing approach. Sequence analysis of NGS data indicated that the common marshmallow sample is infected with the Cotton leaf curl Gezira virus (CLCuGV) and Cotton leaf curl Gezira betasatellite. To confirm the sequence data, the full-length genome of CLCuGV and the associated betasatellite were amplified using rolling circle amplification method and the RCA kit followed by cloning and Sanger sequencing of ~3kb amplicon. Sequence data indicated that genomes of the Iranian CLCuGV isolate and the associated betasatellite are 2761 and 1355 nts in length. To identify other CLCuGV hosts, a sunflower sample showing severe crinkling and cup-shaped leaves and five okra samples with severe leaf curl symptom were collected from greenhouse and/or open farms in Jiroft and Dezful (Khuzestan province), respectively. DNA of samples was extracted and subjected to the PCR assay using primer pair of CLCuGV-F/CLCuGV-F followed by detection of 730bp in length amplicon. The associated betasatellite with the okra and sunflower samples was detected by RCA and sequencing of the resulted amplicon.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Begomovirus
  • cotton leaf curl Gezira virus
  • betasatellite
Brown J.K. Fauquet C.M. Briddon R.W. Zerbini M. Moriones E. & Navas-Castillo J. 2012. Geminiviridae. pp 351–373. In: A.M.Q. King, M.J. Adams, E.B. Carstens and E.J. Lefkowitz (Eds). Virus taxonomy: classification and nomenclature of viruses: ninth report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Elsevier Academic Press, San Diego, USA.
Shepherd D.N. Martin D.P. Lefeuvre P. Monjane A. L. Owor B.E. Rybicki E.P. & Varsani A. 2008. A protocol for the rapid isolation of full geminivirus genomes from dried plant tissue. Journal of Virological Methods 149: 97-102.
Zhang Y.P. Uyemoto J.K. & Kirkpatrick B.C. 1998. A small-scale procedure for extracting nucleic acids from woody plants infected with various phytopathogens for PCR assay. Journal of Virological Methods 71: 45-50.