ثبات نسبی ژنتیکی جدایه‌های ویروس برگ‌ قاشقی باقلا بر اساس بخشی از ژن پروتئین پوششی از میزبان‌ها و مناطق جغرافیایی مختلف ایران

نوع مقاله: مقاله کامل پژوهشی

نویسندگان

1 دانشجوی کارشناسی ارشد بیماری شناسی گیاهی گروه آموزشی گیاهپزشکی دانشگاه شیراز.

2 دانشیار بیماری شناسی گیاهی گروه آموزشی گیاهپزشکی دانشگاه شیراز

3 استاد بیماری شناسی گیاهی گروه آموزشی گیاهپزشکی دانشگاه شیراز.

چکیده

یکی از عوامل زردی، کوتولگی و پیچیدگی در حبوبات که باعث کاهش محصول می‌شود ویروس برگ قاشقی باقلا (Bean leaf roll virus, BLRV) می­باشد. به منظور بررسی تنوع جدایه­های ایرانی این ویروس از مزارع حبوبات در استان های مرکزی، فارس، خوزستان، کهگیلویه‌و‌بویر احمد، گلستان، زنجان و قزوین بازدید و از گیاهان یونجه، عدس، نخود، لوبیا، شبدر، باقلا، نخودفرنگی و شنبلیله نمونه‌برداری انجام شد. درمورد نمونه­های انتخابی مراحل استخراج آر­ان­ای ویروس، تکثیر بخشی از ژن کد­کننده­ی پروتئین پوششی (از نوکلئوتید 3250 تا نوکلئوتید 3638) با آغازگر­های اختصاصی، همسانه‌سازی و تعیین ترادف به عمل آمد. به این ترتیب، BLRV در گیاهان یونجه، عدس، نخود، لوبیا و شبدر عمدتاً  با علائم زردی و در گیاه باقلا با علائم قاشقی شدن برگ­ها و زرد شدن برگ­های جوان تشخیص داده شد. همردیف­سازی چندگانه ترادف بخشی از ژن پروتئین پوششی 15 جدایه­ی ایرانی با ترادف ناحیه مشابه سایر جدایه­های BLRV موجود در بانک ژن نشان داد که میزان شباهت نوکلئوتیدی و ترجمه آمینواسیدی این ناحیه از ژن  پروتئین پوششی به ترتیب 98–94% و 100–96% می­باشد. مطالعات تبارزایی نشان داد که تمام جدایه­های BLRV از ایران در یک گروه مجزا از جدایه­های غیرایرانی قرار می­گیرند. میزان شباهت­ ژن در این بخش از ژنوم می­تواند نشان دهنده­ی پایستگی و ثبات نسبی ژنتیکی ژن پروتئین پوششی ویروس مورد بررسی باشد.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Relative genetic stability of Bean leaf roll virus isolates based on a part of coat protein gene from different hosts and geographical regions in Iran*

نویسندگان [English]

  • O. Bahrami Torabi 1
  • E. Alavinejad 2
  • S.A.A. Behjatnia 3
  • K. Izadpanah 3
چکیده [English]

Legume diseases characterized by yellowing, stunting and leaf rolling cause heavy losses to legume crops. One of the causal agents of these diseases is Bean leaf roll virus (BLRV) which is widespread in legume species throughout Iran. In the present research, genetic variation of BLRV isolates from different plants and different geographical regions is investigated. Samples of Vicia faba, Pisum sativum, Cicer arietinum, Medicago sativa, Lens culinaris, Trifolium spp., Trigonella foenum-graecum and Phaseolus vulgaris showing symptoms of yellowing, dwarfing and leaf rollingwere collected from the fields of Markazi, Fars, Khuzestan, Kohgiluye-va-Boyerahmad, Golestan, Zanjanand Qazvin provinces in 2016-2017. Total RNA was extracted from symptomatic samples and subjected to RT-PCR using specific primers amplifying a fragment of 389 bp in size from the CP region of the virus which was cloned and sequenced. BLRV was detected in faba bean, alfalfa, lentil, chickpea, bean and clover. Comparison of obtained nucleotide (nt) and amino acid (aa) sequences of Iranian isolates of BLRV with corresponding nt and aa sequences of other BLRV isolates available in GenBank showed a 94-98% and a 96-100% nt and aa similarity, respectively. Phylogenetic analyses indicated that all Iranian BLRV isolates constituted a group district from the group formed by non-Iranian BLRV isolates. These data indicated that the CP region of this virus is relatively conserved among different isolates of BLRV.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Bean leaf roll virus
  • coat protein
  • genetic variation
  • legume viruses
  • RNA extraction