تنوع ژنتیکی و تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی جدایه‌های ویروس موزاییک ایرانی ذرت براساس پراکنش جغرافیایی، میزبان و نوع علائم

نوع مقاله: مقاله کامل پژوهشی

نویسندگان

چکیده

ویروس موزاییک ایرانی ذرت یک گونه منحصر به فرد در جنس نوکلئورابدوویروس می باشد. تنوع ژنتیکی جدایه های مختلف ویروس موزاییک ایرانی ذرت جمع آوری شده از مناطق جغرافیایی مختلف ایران و از میزبان های مختلف ویروس با علایم متفاوت در سال های 1394 و 1395 مورد بررسی و مطالعه قرار گرفت. توالی مربوط به ژن های نوکلئوکپسید، گلیکوپروتیین و یک قطعه با اندازه 500 جفت باز از ژن پلی مراز و نواحی غیر کد شونده بین ژن ها تعیین شد. تنوع ژنتیکی در نواحی ژن های نوکلئوکپسید و گلیکوپروتیین به میزان 3/1 در صد و درژن پلی مراز 8/0 درصد بود. تنوع ژنتیکی در نواحی غیرکد کننده بیشتر از نواحی ژنی بودکه در ناحیه بین ژن فسفوپروتیین و ژن 3 به بیش از 14% می رسید. در تجزیه و تحلیل های فیلوژنتیکی جدایه ها، ارتباطی بین گروه بندی فیلوژنتیکی و منطقه جغرافیایی، دامنه میزبانی و نوع علایم ویروسی دیده نشد. نسبت جانشینی های نامترادف به مترادف کمتر از یک بود که بیانگر وجود فشار انتخاب منفی بر روی ژن های مورد مطالعه بود. با توجه به این که ذرت یک گیاه وارداتی به ایران است و کشت آن در سال های اخیر توسعه یافته است به نظر می رسد ویروس موزاییک ایرانی ذرت از علف های هرز و یا میزبان های زراعی به ذرت منتقل شده است. احتمالا وابستگی شدید ویروس موزاییک ایرانی ذرت به زنجرک ناقل به عنوان تنها راه انتقال شناخته شده برای ویروس، می تواند دلیل پایین بودن تنوع ژنتیکی ویروس باشد. تنوع ژنتیکی پایین در ویروس موزاییک ایرانی ذرت، می تواند به عنوان ابزاری مفید، جهت تولید واریته هایی با مقاومت پایدار استفاده شود.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Genetic diversity and phylogenetic analysis of Maize Iranian mosaic virus isolates based on geographical distribution, host and type of symptoms

نویسندگان [English]

  • M. Hortamani
  • A. Massah1
  • M. Talebi
  • K. Izadpanah
چکیده [English]

Maize Iranian mosaic virus (MIMV) is a distinct member of the genus Nucleorhabdovirus. The genetic diversity of maize Iranian mosaic virus (MIMV) isolates collected from different geographical regions of Iran, different hosts and different symptoms was determined during 2015-2016. Selection pressure analyses were also performed. Sequences of the nucleocapsid protein, glycoprotein, and a 500 bp fragment of polymerase genes and non-coding regions were determined. Genetic diversity in coding regions was less than 1.3 % in nucleocapsid protein and glycoprotein genes and 1 % in polymerase gene. The diversity in non-coding sequences was higher compared to ORFs especially between P and ORF 3 (up to 14.7 %). In phylogenetic analysis no correlation was found between MIMV isolates and geographical regions, type of symptoms and host differences. The ratio of non-synonymous to synonymous polymorphic sites indicated purifying selection has acted upon the analyzed genes. Likely, the dependence of MIMV on planthoppers for spreading can explain its low diversity. The information on the low genetic diversity of MIMV will be helpful in selection of maize cultivars with durable resistance

کلیدواژه‌ها [English]

  • Genetic diversity
  • glycoprotein
  • maize Iranian mosaic virus
  • non-coding regions
  • nucleocapsid protein
  • Nucleorhabdovirus
  • selection pressure